hoechst法看凋亡，主要是看sub-G1期的細胞數量。原理就是凋亡的細胞，由于DNA正在降解，所以含量比正常細胞要少。在以PI熒光強度（代表DNA量）為橫坐標的柱狀圖上，一般會有2個峰，G1和G2，G1就是正常細胞，G2是正在分裂的2倍體。2者間是S期細胞。如果有凋亡的細胞，在G1前會有細胞出現，就是DNA含量少于正常細胞的凋亡細胞.
BIOG tunel法是運用細胞在發生凋亡時，會激活一些DNA內切酶，這些內切酶會切斷核小體間的基因組DNA。細胞凋亡時抽提DNA進行電泳檢測，可以發現180-200bp的DNA ladder。基因組DNA斷裂時，暴露的3’-OH可以在末端脫氧核苷酸轉移酶(Terminal Deoxynucleotidyl Transferase, TdT) 的催化下加上熒光素 (FITC) 標記的dUTP (fluorescein-dUTP) ，從而可以通過熒光顯微鏡或流式細胞儀進行檢測。