質譜儀屬于精密貴重儀器，尤其是高分辨質譜儀，必須細心維護，才能保證其性能穩定，延長其使用壽命。
1.如果是直接進樣，每測定完一個樣品，都要用溶解該樣品的溶劑清洗進樣管線和噴霧針；清洗過程中可在軟件中將噴霧氣體關閉，以保證離子源不被進一步污染，同時也可節省氮氣。
2.如果兩個樣品分別為水溶性和脂溶性的物質，清洗時一定要用甲醇或乙腈作為過度溶劑，以免在進樣管線和噴霧針殘余的極微量樣品析出，發生進樣管線或噴霧針的堵塞。
3.每天測試完畢后，用沾有甲醇的無塵紙清潔spray chamber、spray shield和capillary cap。然后將儀器設置于<Standby>狀態，并關閉噴霧氣體，干燥氣體（DryingGas）設置體流速3-4L/min。在節約氮氣的同時，又能防止環境的潮氣、灰塵進入到源內。
4.質譜儀如果長期或經常處于完全關機狀態（無真空、無供電），儀器的壽命要減少，并且報修率高。因此，在每天工作結束時，建議將儀器設置于<Standby>狀態。
1.檢查氮氣和氬氣的壓力，是否需要加換。
2.檢查機械泵油的水平是否在規定范圍之內，是否需要添加或跟換泵油。
按以下步驟清洗空氣過濾膜。切忌使用任何清潔劑！無需關機！
1.旋開兩邊兩個螺絲
2.取出過濾網用清水沖洗過濾膜
3.涼干后裝回原處
四、每年維護
1.更換新空氣過濾膜：參見上述<清洗空氣過濾膜>步驟
2.更換機械泵泵油：關機后，按以下示意圖操作。
五、必要時進行以下維護
1.更換噴霧針：詳見microTOF-Q II使用手冊
2.清洗玻璃毛細管：
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