HPV疫苗對于接種者的保護年限，目前顯示的數據為二價HPV疫苗的持續保護時間可以達到5年以上，四價疫苗的持續保護時間和二價疫苗相仿，二價和四價疫苗HPV疫苗對于宮頸癌的防控風險可以達到84.5%，九價疫苗的持續保護時間為8以上年，其對于宮頸癌的防控風險可以達到92.1%。
而目前還有一個推論，就是HPV疫苗的持續預防年限可以達到50年，所以不排除保護力其能持續更長時間的可能。但由于HPV疫苗上市時間較短，只有10年左右的時間，其長效性很可能會因人而異。
所以更確切的結果還需要更長時間的觀察研究，對于保護年限這個問題才能最終確認。對于已經注射了HPV疫苗的人群來說，尤其是已經有過性行為，或者是已婚人士還需定期進行宮頸癌的篩查，確保萬無一失。