4．上樣
1）上樣前在已制好膠的電泳槽中倒入電泳緩沖液，液面高度應超過上槽短玻璃板的上緣5mm，下槽只要超過電極絲即可。
2）雙手緩慢小心地取出樣品梳，即可看到界線清晰的加樣孔。如加樣孔之間的膠條不平整，可用一平頭針注射器校正。
3）用微量進樣器吸取一定量已處理好的樣品液或對照液，按預定順序加入凹型凝膠加樣孔中底部（注意校正膠條和加樣時動作要輕緩，針頭不要刺傷膠面）。每加完一個樣品應用水洗滌進樣器。不用的加樣孔可加上等體積的1X樣品緩沖液。
4）記下加樣順序。
5．電泳
1）用導線將上槽電極與電泳儀負極相連，下槽電極與正極相連。
2）當樣品在濃縮膠中時，調節電壓使電流為10~12mA（電壓為80~100V）。
3）當溴酚蘭前沿進入分離膠后，調節電壓使電流 20~22mA（電壓為100~200V）。
4）繼續電泳至溴酚蘭前沿接近分離膠底部3~5mm時（注意不要使染料逸出到下槽電泳緩沖液中），調節電壓至零，關閉電源（整個過程需3~4小時）。
5）拆除導線，回收電泳緩沖液。
6．考馬斯亮蘭染色
1）染色：電泳完畢后，松開螺栓，取出膠模框，剝出玻璃板。用小不銹鋼勺從濃縮膠一端輕輕撬開玻璃板（注意防止凝膠破裂），在凝膠右下角切去一小塊以標注方位。用水將凝膠沖洗至一培養皿中，盡可能倒去水，加入考馬斯亮蘭染色液至浸沒膠面，并除去凝膠下的氣泡（否則脫色后有花紋），固定染色過液。
2）脫色：次日棄去染色液，水洗2~3次后，加脫色液I浸沒膠面，置搖床上脫色，2~3次（3~4小時）后，再用脫色液II脫色2~3次（3~4小時），直到凝膠上背景脫凈為止。水洗 2~3次，記錄結果。
注1：為加快脫色速度，可采用以下方法：
a．用含30% 甲醇、10% 乙酸的混合液脫色。
b．用正常的脫色液在較高溫度（如45℃）下脫色。
c．在正常脫色液中加入數克陰離子交換樹脂或放入一塊海綿，以吸附從凝膠上洗脫下來的染料。
注2：脫色越充分，考馬斯亮蘭染色檢出的蛋白質下限就越低。一般脫色8小時，可檢測到含0.25μg蛋白質的電泳帶；脫色24小時，下限可低至0.1μg。
3）脫色后的凝膠可暫時保存在水中。如果保存在脫色液中，會使已染色的蛋白帶脫色，此時可重新染色。
4）為保存永久性記錄，可對已染色的凝膠拍照，或把已染色的凝膠干燥成膠片保存。為防止凝膠干燥后龜裂，可將脫色后的凝膠在保存液（25ml 87% 甘油加225ml脫色液II）中浸泡30分鐘，然后用凝膠真空干燥器干燥成膠片。
7．銀染
1）固定：電泳后立即將凝膠置干凈的培養皿中，用固定液浸泡2小時，每小時換一次固定液。棄去固定液，用水浸洗1小時。棄去水，將凝膠置1% 戊二醛溶液中浸泡15分鐘。棄去戊二醛溶液，再用水洗2次，每次15分鐘。
2）銀染：將凝膠置硝酸銀溶液中浸泡15分鐘，棄去硝酸銀溶液，再用水洗3次，每次15分鐘（注意清洗時必須防止凝膠表面干涸，否則會出現人為染色假象）。
3）顯色：將凝膠置顯色液中，平緩搖動5分鐘左右（時間過長會導致凝膠出現較高的銀染背景），待蛋白質條帶顯色后，置10% 乙酸中數分鐘停止染色。用水洗3次，每次10分鐘。
4）如欲保存，可按6.4) 下方法干燥（注意不要加溫，否則會使銀染色漂白）。
四．結果判斷
1．通常，生產過程中的質量檢驗采用考馬斯亮蘭染色，最終產品用銀染色。
2．做產品鑒別（還原型電泳）時，凝膠用雙波長飛點掃描儀掃描，樣品遷移率應與對照品一致。由樣品與標準分子量蛋白的相對遷移率計算，樣品分子量應為22,000。
3．做純度分析（非還原型電泳）時，用雙波長飛點掃描儀掃描，聚合物含量應不大于 5%，水解片斷含量應不大于5%，單體含量（純度）應不小于90%。