溴酚藍跑到膠的底部為準，26kD在10%的由下往上1/4的地方，而15%就在由下往上大約1/2（不太確定）的地方，對于分子量比較小的蛋白，膠的濃度越大，分離效果越好。
但是必須考慮到，膠的孔徑一旦小于蛋白-SDS復合體的直徑，分子量大于這個蛋白的所有蛋白仍然不能有好的分離效果。如果孔徑太大，所有蛋白都跑得那么快，也是分不開的。
關鍵是看這個分子量附近的蛋白，比如±5kD以內的所有蛋白，在不同濃度的膠中的速度差要盡可能達到最大，假設是對數正態分布，那么方差要足夠大，才會有較好的分離效果。另一方面，蛋白跑的路程越大，也越能和附近的蛋白分開。