《自然》獲得首創性全基因組RNAi庫

來自奧地利科學院維也納分子生物學研究院（Institute of Molecular Biotechnology of the Austrian Academy of Sciences）的研究人員以果蠅為研究對象，利用一套完整的基因組序列數據，從達到了88%覆蓋率的蛋白編碼基因中獲得了全基因組范圍內特異組織 RNAi轉基因文庫，這在之前并未完成過。這一研究得到的數據庫有助于對功能的喪失進行快速的基因篩選，使得科學家基本上有可能在生物體的生命過程中的任何階段在任何一種組織中或細胞中來研究基因功能。

原文檢索：
Nature 448, 151-156 (12 July 2007) |
doi:10.1038/nature05954; Received 28 February 2007; Accepted 22 May 2007
A genome-wide transgenic RNAi library for conditional gene inactivation in Drosophila
[Abstract]

1998年2月，華盛頓卡耐基研究院的Andrew Fire和馬薩諸塞大學醫學院的Craig Mello證實，之前康奈爾大學Su Guo博士遇到的正義RNA抑制基因表達的現象，以及過去的反義RNA技術對基因表達的阻斷，都是由于體外轉錄所得RNA中污染了微量雙鏈RNA而引起。當他們將體外轉錄得到的單鏈RNA純化后注射線蟲時發現，基因抑制效應變得十分微弱，而經過純化的雙鏈RNA卻正好相反，能夠高效特異性阻斷相應基因的表達。該小組將這一現象稱為RNA干擾（RNA interference ,簡稱RNAi）。

在隨后的短短一年中，RNAi現象被廣泛地發現于真菌、擬南芥、水螅、渦蟲、錐蟲、斑馬魚等大多數真核生物中。這種存在揭示了RNAi很可能是出現于生命進化的早期階段。隨著研究的不斷深入，RNAi的機制正在被逐步闡明，而同時作為功能基因組研究領域中的有力工具， RNAi也越來越為人們所重視。

模式生物的早期遺傳篩選能為我們提供重要的發育，生理學和病理學方面的資料，而隨著生物技術的發展，全基因組掃描及篩選的實現讓我們也能更為深入的了解自身的奧秘。

在對RNA介導的基因干擾，即RNAi的全基因組分析中，目前已可以進行系統反向遺傳篩選（systematic reverse genetic screens），但是此類全基因組RNAi篩選大多幾種在培養細胞和線蟲普遍存在的基因范圍內，這種強有力的方法并未應用到一種組織特異性的方法。

在這篇文章中，研究人員以果蠅為研究對象，利用一套完整的基因組序列數據，從達到了88%的覆蓋率的蛋白編碼基因中獲得了全基因組范圍內RNAi轉基因文庫，構建了一張果蠅RNAi圖譜。

這個數據庫將有助于對功能的喪失進行快速的基因篩選，使得科學家基本上有可能在生物體的生命過程中的任何階段在任何一種組織中或細胞中來研究基因功能。這個數據庫將為很多領域的研究工作鋪平道路，包括行為研究、睡眠研究、學習研究、病理研究和衰老研究，這些領域以前是無法用成功應用于發育生物學的那種系統性基因分析方法來進行研究的。

同時，早期來自洛克菲勒大學的研究人員克隆并測序了256個哺乳動物小RNA數據庫中的30多萬個序列，找到了大約400個在任何組織都表達的microRNA——比之前預期的要少。這一研究成果公布在6月底的《Cell》雜志上。

研究人員發現組織或者細胞特異的micro RNA種類很少，相反細胞系和組織之間的差異經常局限在一小部分普遍存在的microRNA的表達水平的變化。因此研究人員認為缺乏細胞、組織特異的 microRNA并不意味著microRNA沒有區分腫瘤起源、組織或細胞的作用。真正重要的是一個給定樣本表達的所有microRNA。

這一張新繪制的microRNA表達圖譜含有許多關于microRNA結構、序列、表達方式和進化的有用信息，將為研究發育和疾病有關的microRNA世界提供了重要線索。