質譜分析是一種測量離子質荷比的分析方法，其基本原理是使試樣中各組分在離子源中發生電離，生成不同荷質比的帶電荷的離子，經加速電場的作用，形成離子束，進入質量分析器。在質量分析器中，再利用電場和磁場發生相反的速度色散，將其分別聚焦而得到質譜圖，而確定其質量。
質譜技術是一種鑒定技術，在有機分子的鑒定方面發揮非常重要的作用。它能快速而極為準確地測定生物大分子的分子量，使蛋白質組研究從蛋白質鑒定深入到高級結構研究以及各種蛋白質之間的相互作用研究。
質譜中一級質譜，二級質譜的區別：
1、顯示目標不同。
一級質譜主要是給出目標物的分子量，二級質譜可以看出目標物的部分碎片，可以對目標物的結構進行分析。
2、等級不同。
一級質譜為一級，二級質譜為二級。
作用：
一級質譜：檢測所有帶電離子的質荷比和強度，形成一級譜圖。一級質譜中的信號為母離子肽段信號。
二級質譜：按照一定方式選擇母離子肽段，將其進一步解離，分析所形成的子離子的質荷比和強度。