世界大團結，共同完成SARSCoV2基因測序

　　盡管國際測序工作使識別和跟蹤新出現的 SARS-CoV-2 變體成為可能，但新的研究表明，需要更廣泛的標準化和數據共享來改善全球對 SARS-CoV-2 的監測。

　　“我們的研究結果表明，迫切需要增加序列的及時和充分共享、元數據文件的標準化，以及對測序和生物信息學能力有限的國家的支持，”共同第一作者、復旦大學傳染病研究員陳志遠公共衛生及其公共衛生安全重點實驗室及其同事在周一發表在《自然遺傳學》上的研究中寫道。

　　中國、瑞士和美國的研究人員從 2021 年底之前從國際上收集和分析的病毒分離物產生的數百萬個 SARS-CoV-2 基因組序列開始，研究了 100 多個國家特定的監測、測序和報告模式國家。

　　除了對新變異株的出現和傳播的見解——包括在 2021 年初傳播的 Alpha 變種，到那年春天被 Delta 變種取代——該團隊還記錄了不同位置的基因組監測水平，以及可變排序方法和元數據發布。

　　“我們的研究結果表明，全球 SARS-CoV-2 基因組監測策略和能力差異很大，并且在某些地區受到限制，”作者報告說，并指出“我們的研究表明，在某些國家，大量基因組不可用在公共數據庫中。”

　　例如，在 96 個國家，研究人員發現可用的 SARS-CoV-2 序列數據水平相對較高，而 6 個國家的可用序列數據較低，70 多個國家的可用序列數據中等。另一方面，他們發現在所考慮的近四打國家中，基于基因組測序的常規監測水平特別高。

　　“我們發現基因組監測策略在全球范圍內是異質的，”陳在一封電子郵件中解釋說，有 45 個國家進行了高水平的常規基因組監測，而東地中海、非洲和美洲的許多國家進行了有限的監測。

　　研究小組指出，超過一半的序列來自歐洲，其次是美洲。此外，與更多收入受限的站點相比，更多的 SARS-CoV-2 序列數據被追溯到高收入國家。

　　在可用的 SARS-CoV-2 基因組中，研究小組指出，研究人員最常求助于短讀長測序技術。

　　Illumina 儀器生成了超過 370 萬個序列，而 Oxford Nanopore 測序平臺生成了大約 816,000 個基因組，盡管特定技術的可用性和總體測序能力因每個國家或地區的位置和收入水平而異。

　　同樣，研究人員報告說，高收入地區的測序時間往往更短。即便如此，隨著大流行的繼續，他們研究的所有領域的周轉時間都下降了，因為實驗室實施了監控流程并改進了他們的工作流程。

　　盡管在大流行期間產生了大量序列數據，但研究小組指出，到 2021 年底，只有一部分國家始終共享與關注變體相關的序列數據，包括 Alpha、Beta、Gamma 和三角洲菌株。許多 SARS-CoV-2 序列似乎也缺乏人口統計和其他元數據，例如采樣方法或受感染個體的癥狀、結果或疫苗接種狀態。

　　“我們對公開保存的 SARS-CoV-2 序列的分析表明，一些國家沒有在公共存儲庫中共享基因組數據，”陳說。 “為了應對新興變體的威脅，我們敦促國際合作，鼓勵、激勵和實現在所有國家及時、完整地測序和共享 SARS-CoV-2 基因組數據。”