（1）吻合口梗阻 為術后最常見并發癥，包括功能性和機械性梗阻。患兒在手術1周后胃腸減壓液仍為膽汁性，或拔出胃管后反復出現腹脹、嘔吐、無正常排便時應考慮吻合口梗阻可能。可經胃管注入適量碘油行造影檢查，了解吻合口通過情況。如確定存在吻合口機械性梗阻應再次手術，解除梗阻原因，切除病變腸段及原吻合口重行吻合術。功能性梗阻常與閉鎖遠近端腸管肌間神經節細胞數減少、遠端腸管發育不全有關。這種情況應繼續全胃腸外營養（TPN），注意補充多種維生素與微量元素。耐心喂養，先給予少量要素飲食或母乳。
（2）吻合口漏 吻合口漏初期，腹腔內感染嚴重，應避免過多的手術探查，也不宜行復雜的腸切除吻合或修補術。在掌握了吻合口漏的情況之后，作局部擴創引流，留置雙腔管保持吸引。根據每天引流液的性質和量，做好液體和電解質的補充，糾正酸堿中毒。給予胃腸道外營養以提供足夠的熱量和營養。加強抗生素治療，有效控制感染及腹部皮膚的護理。在積極治療下，使小兒渡過急性期，待進入穩定期階段后，再行進一步的手術治療。已局限的回腸末端或結腸吻合口皮膚瘺，可采用保守療法，維持水、電解質平衡，加強營養支持療法，控制感染，保護腹部皮膚。如病情穩定，能較正常排便時，給要素飲食或母乳，較小的吻合口漏可望自行愈合。
（3）壞死性小腸結腸炎 輕癥者積極治療中毒性休克，糾正脫水和酸堿平衡失調，胃腸減壓及有效抗生素等。已發生腸梗阻或腸壞死穿孔者，應手術治療。根據病情行腸切除吻合術，或腸外置、腸造瘺術。
（4）短腸綜合征 患兒可發生腹瀉和營養障礙，出現低體重、低血鈉、低血鉀癥和發育遲緩等。早期應以TPN維持患兒生命。在小腸適應性改善后予以內科治療為主，給予低脂肪、高碳水化物食品，積極補充維生素和微量元素等。