轉錄因子(transcription factor)是起調控作用的反式作用因子。轉錄因子是轉錄起始過程中RNA聚合酶所需的輔助因子。真核生物基因在無轉錄因子時處于不表達狀態,RNA聚合酶自身無法啟動基因轉錄,只有當轉錄因子(蛋白質)結合在其識別的DNA序列上后,基因才開始表達。轉錄因子的結合位點(transcription factor binding site,TFBS)是轉錄因子調節基因表達時,與mRNA結合的區域。按照常識,轉錄因子(transcription factor,TF)的結合位點一般應該分布在基因的前端,但是,新的研究發現,人21和22號染色體上,只有22%的轉錄因子結合位點分布在蛋白編碼基因的5'端。
這篇文章的試驗方法是,通過高密度的寡核苷酸芯片,反映出人21和22號染色體的幾乎所有的非重復序列,通過這種芯片,檢測三種轉錄因子,Sp1、 cMyc、和p53的結合位點。結果表明,每種轉錄因子都有大量的TFBS與之結合。然而,只有22%的轉錄因子結合位點分布在蛋白編碼基因的5'端, 36%的TFBS分布在蛋白編碼基因的中部或3'端,并且這36%的TFBS常常和基因組中的非蛋白編碼RNA分布在一起。這暗示,在人的基因組中,不僅包含蛋白編碼基因,也包含數量相當的非編碼基因(noncoding genes),他們都受常見的轉錄因子所調控。
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