（一）與腸痙攣鑒別：
小兒腸系淋巴炎是免疫病，用激素治療；腸痙攣是神經粘膜紊亂，用解痙藥。腸痙攣是由于腸壁平滑肌陣陣強烈收縮而引起的陣發性腹痛，是小兒急性腹痛中最常見的情況。小兒腸痙攣出現腹痛，常呈陣發性發作，發作時面色蒼白，額頭冒汗，四肢冰涼，間歇期腹痛減輕或玩耍如常，幾分鐘或十幾分鐘后又發作，發作時患兒常捂腹、彎腰、拒按、不合作、間歇期患兒常難訴清腹痛部位，腹痛消失或僅有臍周隱痛，全腹軟，無明顯固定壓痛或反跳痛。
（二）與小兒闌尾炎鑒別：
易混淆，兩種疾病的臨床表現有許多相似之處，患者均可表現為發熱、右下腹疼痛及壓痛等。其鑒別方法如下：（1）腹痛與發熱的關系：先發熱后腹痛是腸系膜淋巴結炎的早期癥狀，反之則是急性闌尾炎的早期癥狀；（2）腹痛的性質：腸系膜淋巴結炎腹痛部位多不固定，不呈進行性加重，可有緩解期，無明顯的腹膜刺激癥狀，而急性闌尾炎以轉移性腹痛為特點，腹痛較重，呈進行性加重，有壓痛、反跳痛、肌緊張；（3）體溫：腸系膜淋巴結炎患者體溫極少超過38.5℃，急性闌尾炎患者體溫則常在38.5℃以上；（4）白細胞計數：腸系膜淋巴結炎患者白細胞計數多正常或輕度升高，急性闌尾炎患者白細胞計數常12×109/L以上，可達20×109/L，中性粒細胞達85%以上；（5）B超檢查對急性闌尾炎和腸系膜淋巴結炎的診斷可提供準確依據。