關于染色質免疫共沉淀的技術結合介紹

　　１、CHIP-seq

　　ChIP-Seq的原理是：首先通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，并對其進行純化與文庫構建；然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等相互作用的DNA區段信息。

　　２、ChIP-chip 染色質免疫共沉淀-芯片（ChIP-chip）

　　實際上現在染色質免疫共沉淀通常都和芯片技術結合使用，實現高通量的篩選，在DNA與蛋白質分離后，以所獲得DNA片段為探針通過芯片去篩選靶基因。 [8]

　　ChIP與基因芯片相結合建立的ChIP-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選。它與DNA芯片和分子克隆技術相結合，可用于高通量的篩選已知蛋白質分析的未知DNA靶點和研究反式作用因子在整個基因組上的分布情況。染色質免疫共沉淀技術與芯片技術相結合更有助于科學家發明疾病的有效治療方法。調控蛋白與基因組DNA結合能夠控制DNA復制和基因表達，作為細胞調節網絡中的開關，結合位點分析信息與基因表達數據相結合，將能有助于分析尋找生物標志物（biomarker）。轉錄因子通過與核酸直接的相互作用等方式在細胞內發揮著重要的轉錄調控作用。它們通常序列特異性地結合在基因轉錄起始位點上游的啟動子區來調節該基因的轉錄。而ASB的啟動子芯片技術則是用于檢測單個轉錄因子在細胞中的某一時刻與20,000個基因啟動子相互作用的情況。通過染色質免疫共沉淀（ChIP）技術和啟動子芯片的有機結合，可以確定任何一個特定轉錄因子的靶基因群。 [8]

　　ChIP-chip技術對于大規模挖掘順式調控信息成績卓著，同時它可以用于胚胎干細胞和一些疾病如癌癥、心血管疾病和中樞神經紊亂的發生的機制。研究人員還可以利用這項技術開發一些治療方法。目前ChIP-chip技術研究主要集中于兩個領域：即轉錄因子的結合和條件特異性；組蛋白的修飾，組蛋白修飾蛋白和染色體重建。ChIP-chip 在描述轉錄因子結合動力學中的研究、染色體結構組分的分布、在組蛋白的修飾、組蛋白修飾蛋白和染色體重建中的應用也十分廣泛。ChIP-chip 技術的優點是，可以在體內進行反應；在給定的檢驗細胞環境的模式下得到DNA相互關系的簡單影像；使用特異性修正抗體鑒定與包含有一個特異性后轉錄修正的蛋白質的相關位點；直接或者間接（通過蛋白質與蛋白質的相互作用）的鑒別基因組與蛋白質的相關位點。缺點是：需要一個特異性蛋白質抗體，有時難于獲得；為了獲得高豐度的結合片段，必須實驗演示胞內條件下靶標蛋白質的表達情況；調控蛋白質的基因的獲取可能需要限制于組織來源中。總之，ChIP-chip 技術的發展為分析活細胞或組織中DNA與蛋白質的相互關系提供了一個極為有力的工具。在未來的研究中，將對芯片的構建進行改進，提高其實用性。使用易于獲得的抗體，增加這種方法的可用性。