經環甲膜穿刺吸引或經纖支鏡通過防污染毛刷采取的下呼吸道分泌物、肺組織、胸水、血、尿或腦脊液直接涂片或培養出念珠菌，即可確診。痰液直接涂片或培養出念珠菌并不能診斷為真菌病，因約有10%～20%的正常人痰中可找到白色念珠菌。若有3%雙氧水含漱3次，從深部咳出的痰連續3次培養出同一菌種的念珠菌，則有診斷參考價值。
兩肺紋理增深，或呈彌漫性小片狀或斑點狀陰影，部分可融合成大片致密影，邊緣模糊，形態多變，發展迅速。病變大多位于中下肺野。部分病例伴胸膜改變。慢性病變呈纖維條索狀陰影和代償性肺氣腫。
診斷依據：
1.咳嗽、咳白色粘液痰或膿痰、咯血、氣急等。
2.檢查口腔、咽部可見覆蓋點狀白膜，肺部可聞干、濕性羅音。
3.胸片可見小片狀或斑點狀陰影，部分可融合。
4.痰連續3次培養出同一菌種念珠菌或直接鏡檢發現大量假菌絲或菌絲和成群芽孢。 5.環甲膜穿刺吸引或纖支鏡取下呼吸道分泌物、肺組織、胸水或腦脊液等培養出念球菌或直接涂片發現大量芽孢和假苗絲（或菌絲）。