腹膜后內胚竇瘤的病因及發病機制不明，有以下幾種學說。
1．迷離學說：是由于原始生殖細胞在胚胎發育時沿體軸從卵黃囊壁到原始性腺的移行過程中迷離所致，解釋沿體軸中線分布的特點。
2．胚胎殘留學說：生殖細胞殘留物在泌尿生殖嵴而沒有完成其向成人腺體正常移行。
3．胚胎癌分化學說：胚胎癌在很早期即可能向內胚竇瘤分化。
4．原發性內胚竇瘤轉移學說：診斷確立必須排除性腺內胚竇瘤的轉移，但有時為隱性病灶。
5．體細胞異向分化學說：起源于異向分化體細胞。
