內科治療的目的是減輕反流及減少胃分泌物的刺激及腐蝕。一般無主訴癥狀的滑動疝不需治療。有輕度反流性食管炎癥狀或因年齡、合并其他疾病及不愿手術者可行內科治療。對肥胖病人應減輕體重可減少腹內壓及反流。避免持重、彎腰等動作，勿穿過緊衣褲。睡眠時抬高床頭15cm，睡前6小時勿進食，忌煙酒，均可減輕食管反流的發作。
藥物治療方面可用制酸劑中和胃酸，降低胃蛋白酶的活性。對胃排空延長可用胃動力藥物如多潘立酮（嗎丁啉）、伊托必利等，H2受體拮抗藥或質子泵抑制藥可減少胃酸及蛋白酶分泌。抑酸藥物與促動力藥物聯合應用對部分患者可提高療效。