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  • 發布時間:2015-01-19 11:02 原文鏈接: 劉偉:生物多樣性數據共享現狀和建議

      數據共享對于科學發展和大科學研究模式至關重要,也是各國政府部門科學決策的重要基礎,備受關注。

      在信息時代的背景下,生物多樣性領域面臨的一個重要挑戰是如何有效地共享及整合生物多樣性數據。

      生物多樣性數據共享的重要性至少體現在三個方面:一是拓展生物多樣性相關領域研究的深度和廣度需要數據共享;二是制定切實可行的多樣性和環境保護政策,需要對科學證據及原始數據開展系統分析,這在發展中國家尤為重要;三是科學可重復性一直是學術界關注的重要問題,而原始數據共享是檢驗研究結果可重復性最重要的前提。

      2001年3月,聯合國環境規劃署和多國政府啟動了“全球生物多樣性信息機構(GBIF)”,旨在促進全球生物多樣性數據的共享。截至今年1月14日,GBIF及其節點機構已收集了142.68個物種的4.27億條物種記錄。雖然GBIF一直以來在整合生物多樣性數據和數據共享策略方面作出積極貢獻,但其自上而下的運作模式,卻不利于鼓勵眾多個體科學家共享數據。此外,GBIF所涵蓋的生物多樣性數據類型還很不夠。

      近幾年數據共享呼吁在政府、資助和研究機構、數據保存機構、期刊等不同層面上越來越多。2009年5月,美國政府啟動國家數據網,同年9月,我國科技部也啟動中國科技資源共享網平臺,均旨在促進數據資源共享。澳大利亞2010年10月啟動Atlas of Living Australia (ALA),近兩年在生物多樣性數據共享方面取得重要進展。雖是GBIF的澳大利亞節點,但ALA允許個人用戶提交共享數據,這是一個重要進步。

      資助機構和研究機構也開始采取數據共享政策和措施。從2011年1月開始,美國國家科學基金會要求項目申請人在申請書中增加“數據管理計劃”,寫明數據保存和共享的承諾與措施;美國國立衛生研究院也有類似政策。英國生物技術和生物科學研究委員會于2010年6月發布了詳細的數據共享政策;英國國家環境研究委員會、WellcomeTrust等也簽署了聯合聲明,承諾促進研究數據共享。今年5月,《中國科學院關于公共資助科研項目發表的論文實行開放獲取的政策聲明》和《國家自然科學基金委員會關于受資助項目科研論文實行開放獲取的政策聲明》同時發布,要求得到公共資金資助的科研論文在發表后把論文最終審定稿存儲到相應的知識庫中,在發表后12個月內實行開放獲取。

      科技期刊在數據共享進程中也起著重要作用。一些主流期刊,如《自然》《科學》、PLoS和BioMed Central系列期刊,在其期刊政策中要求論文作者將論文數據共享。2011年,一些主流的生態學和進化生物學期刊與數據保存機構Dryad簽署合作,承諾在投稿政策中鼓勵作者將論文相關數據提交至Dryad保存并共享。Dryad為每個數據集分配一個DOI,使得數據集能夠被引用和跟蹤,數據集的可引用性將鼓勵科學家更多地分享。然而,Dryad對于數據集沒有格式要求,這給生物多樣性數據管理和整合利用帶來不便。

      雖然生物多樣性數據共享被越來越多地呼吁,但理想和現實還差得很遠。最近有研究發現,對于已發表的生態學論文,其原始數據以每年17%的速度快速丟失。這暗示需要完善的公共數據庫和數據保存政策來推進數據共享。作為最主要的數據生產者、分享者和使用者,科學家群體的態度和行為是數據共享能否有效推進和塑造數據共享文化的決定力量。我們近期開展的一項國際調查研究發現,生物多樣性領域數據共享文化并不發達,科學家有一些技術和認知上的障礙。實際上很多障礙跟科學家能否從共享獲得回報有關。

      近來出現一些其他生物多樣性數據共享策略。GBIF和出版商Pensoft在2011年提出了生物多樣性數據論文,提議網絡共享數據集的元數據文件可以用學術論文的形式發表。他們認為基于同行評審的數據發表將刺激科學家更多的共享,并可以控制數據集的質量。然而,數據論文能在多大程度上促進數據共享,還有待時間的檢驗。理想的生物多樣性數據共享模式不但需要將更多數據收集至公共數據庫,還需要嚴格控制數據質量并采用標準化的數據格式,因此有學者提出了數據庫和科技期刊采用聯合數據政策的建議。聯合數據政策可以解決數據論文所關注的科研評價(DOI可引用)和數據質量問題,并且能夠在更大范圍促進數據共享。

      中國的生物多樣性數據共享主要體現在以政府部門為主導的物種數據庫及共享平臺建設方面。我國從20世紀80年代末開始物種數據庫建設。21世紀初,中國科學院生物標本館網絡信息系統建設項目啟動,并得到科技部“標本資源的標準化整理、整合與共享平臺建設項目”的后續支持, 包括動物、植物、微生物等標本資源的國家標本資源共享平臺于近期建成。該平臺包括6個子平臺, 參建單位達137個,基本涵蓋我國各類標本資源及主要的標本資源收藏機構,收錄1000多萬份各類標本及相關的名錄、文獻和照片等信息。一些公眾科學平臺近年來也取得很大發展, 比如2007年成立的中國自然標本館已建立了生物多樣性基礎信息共享、野外調查、物種鑒定、數據管理等系列功能體系, 并開始在生物多樣性調查監測方面發揮重要作用。

      然而, 與數據共享文化相對發達的美國、英國等科學強國相比, 我國生物多樣性數據共享仍有很多工作要做。我國一直以來依靠自上而下的任務來推進數據共享, 長遠來看這種模式是不可持續的。如何提高科學家群體的共享意識并促進其共享行為,形成自下而上的、自覺的數據共享模式是未來工作的關鍵。此外,我國公共生物多樣性數據庫的數據質量和更新周期也需要提高。

      生物多樣性數據共享需要所有利益方的共同努力。我們給出如下建議:首先,科學家應該關注數據共享方面的進展,并努力踐行數據共享;公眾科學在數據收集和共享方面的重要性值得關注;其次 ,數據保存機構應使用DOI來解決共享者關注的數據所有權和引用等問題,采用標準化的數據格式,控制數據質量,并開發易用的數據工具;再次,科技期刊和數據保存機構采用更加合理和嚴格的聯合數據政策,將從數據數量和質量上大幅促進生物多樣性數據共享;最后,資助和研究機構應當在數據共享中起到更重要作用,提供數據管理的詳細政策,并改進科研評價體系,給予數據共享等公益行為足夠的支持。

      雖然中國的生物多樣性數據共享近些年有較大進步,但共享文化仍不發達。除以上提到的普適性建議,我國生物多樣性數據共享還須關注其他問題。比如,增強公益性項目的規劃性,摒除重復資助、項目執行不力等問題,公共數據保存結構在數據規模和質量、可用性和易用性方面需要很大提高。

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