動物細胞基因組DNASNP的生物芯片檢測3

3.3、寡核苷酸DNA微陣列芯片檢測SNP技術：
寡核苷酸芯片檢測基因突變技術是基因芯片技術的一種。該技術用于檢測基因突變的基本原理是在玻璃、硅等載體上，根據檢測需要，設計、固定多個特異的寡核苷酸探針。而后將大量經擴增、體外轉錄等技術摻入熒光標記分子的待測DNA樣品與之雜交，若兩者存在至少一個堿基的差異時，即可產生雜交結果即熒光信號值的差異。以此來判斷待測樣品與芯
片上的哪一個探針完全配對，即可得出待測樣品特定位點的堿基序列，從而判斷是否存在突變及突變位點和類型。該法具有準確、快速、高效和高通量地分析生物基因信息的優點。
圖27-7 瓊脂糖膜的高碘酸鈉活化及氨基修飾的DNA分子探針的固定
圖27-8 p53基因突變的寡核苷酸DNA微陣列芯片檢測（PNAS 1999,96:7382-7387）
人類p53位于1713，全長16~20，含有11個外顯子和10個內含子，分為野生型、突變型及介于兩者之間的雜合狀態等3種類型。最常見的p53突變為點突變，而點突變最常見的是單個堿基替換。p53結構上有5個進化上的高度保守區，多數p53基因突變是發生在這些保守區內的5~8外顯子上。p53基因突變是人類多種惡性腫瘤最常見的基因改變，約有50%以上的腫瘤患者發現有p53突變。因此檢測p53基因突變對于確定腫瘤的病因!判斷預后以及治療方案的制定具有十分重要的意義。

p53基因突變的寡核苷酸DNA微陣列芯片檢測如圖27-8示意。陣列上的DNA探針5個一組。 每個探針除一個位點錯配外，其他堿基與參考序列互補，稱為“置換”位置。在“置換”位置，包括四種可能的核苷酸(A、C、G、T) 和一個堿基的缺失。雜交條件優化后，熒光標記的待測DNA只與其序列最匹配的探針雜交，取得相對與組內其他四種探針更高的熒光信號。Affymetrix公司p53基因突變檢測寡核苷酸微陣列芯片包含針對p53基因每個堿基的探針組（5個探針/堿基）。圖27-9 顯示了熒光標記的p53基因外顯子PCR擴增產物與p53基因突變檢測寡核苷酸微陣列雜交后的熒光圖象。

示例圖片：

圖27-9 熒光標記的p53基因外顯子PCR擴增產物與p53基因突變檢測寡核苷酸微陣列雜交后的熒光圖象（Nucl. Acids Res. 2005, 33: e90）

圖27-10 The genomic SNP detection assay. Human genomic DNA is hybridized to microarray- immobilized capture oligonucleotides harboring a single-nucleotide variation. After removing unbound gDNA, oligonucleotide-modified gold nanoparticles hybridize to the captured target nucleic acid. Following a wash step, signal amplification is performed. During this step, elementary silver is deposited on the gold nanoparticles, greatly enhancing their light-scattering ability. (From: http://www.devicelink.com/ivdt/archive)