北京生科院在基因組結構變異識別領域取得新進展

　　基因組結構變異是指基因組上由于一段或者多段基因序列因遺傳、病變或自然突變等原因在基因組上產生的插入、刪除、倒位、移位等變異。從規模上講，包括小至若干堿基對的變異到大至上萬堿基對甚至染色體規模的復雜變異。每一個人的基因組上都存在大量不同規模、不同類型的結構變異，這些結構變異不僅是造成人與人之間表型差異的主要原因，同時也與很多疾病的產生與作用相關。INDEL變異在基因組結構變異中最常見且在很多重大疾病對人類基因組的影響中扮演重要角色。目前對INDEL變異識別的研究尚不完善，不僅當前主流INDEL識別方法大多無法提供靈敏、穩健的全規模INDEL識別，而且很少有方法能夠滿足隨著對腫瘤病變基因組研究的發展對腫瘤相關的結構變異雜合度提供準確估計的要求。

　　近日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶研究團隊針對高通量測序數據，構建了基于斷點策略的多信號整合INDEL識別方法。與現有主流識別工具相比，該方法能夠高效識別各種規模的INDEL變異，提供全基因組上完整的INDEL規模分布信息，同時可提供每個所識別的INDEL精確的變異斷點發生位置，為后續針對基因組結構變異特別是位于基因、exon區域的變異對基因表達、蛋白表達影響的分析提供重要參考方向。此外，該方法針對雜合變異能夠提供近似無偏的雜合度估計，由于變異雜合度往往反映了腫瘤的發展階段等的重要信息，使得該方法能夠很好地服務于針對腫瘤數據及相關結構變異的研究。

　　此項工作由趙方慶研究團隊的碩士研究生趙輝完成，目前研究論文已經在國際學術期刊Nucleic Acids Research 在線發表。該項目受到國家自然科學基金重大研究計劃資助。