發表論文的捷徑？線粒體測序論文太多

　　David Roy Smith是來自加拿大韋仕敦大學的一位生物學助理教授，近期他在The Scientist雜志上發文，指出目前涌現了太多線粒體基因組測序論文，2014年GenBank中新增的線粒體基因組序列信息多達上千條，這幾乎比上一年激增了15%。

　　Smith指出，很少有人會質疑這些線粒體DNA (mtDNA)作為一種遺傳標記的有效性，但是顯而易見，mtDNA測序已經成為了通過同行評審發表論文的一種捷徑。這些關于線粒體基因組的論文的意義何在？mtDNA序列能直接進入GenBank嗎？從線粒體基因組數據中我們還能獲得哪些新的觀點，重大的發現？

　　線粒體DNA的重要性

　　1981年首個非病毒基因組測序完成，這就是人類線粒體DNA（mtDNA），由此促進了核基因組項目的構建。之后到九十年代初期，科學家們又完成了幾十個其它生物，如陸地植物和原生生物的線粒體DNA測序，這也推動了比較基因組學這一新興領域的出現。

　　隨著Sanger測序技術的進步，完成整個mtDNA測序更容易，更便宜，因此一大波動物線粒體基因組測序涌現。但故事的轉折點在于大規模平行測序技術的出現，二代測序平臺上完成單次全基因組DNA測序，就能以高覆蓋率產生了足夠mtDNA讀長，完成完整線粒體基因組或線粒體轉錄組的組裝。

　　今天，線粒體基因組已經成為最廣泛使用的遺傳標記，一些人還認為線粒體基因cox1可以作為真核生物多樣性分析的通用遺傳條碼。考古學家和法醫科學家們依靠mtDNA完成他們的工作，因為mtDNA具有單親遺傳模式，高拷貝數和相對于核DNA的低衰變率。醫學研究人員利用mtDNA分析，診斷和治療線粒體疾病，后者也正是最常見的遺傳性疾病，線粒體遺傳學甚至成為了人類生殖技術的一個組成部分。

　　其中更為重要的是，線粒體能提供一個非常規基因組的無窮庫，從龐大的不同花系的mtDNA，到令人費解的連鎖mtDNAs，很難想象沒有線粒體研究的分子進化領域。

　　未來的發展

　　因此采用先進技術獲取的完整線粒體DNA序列在各大期刊中涌現，然而Smith指出，一些論文解析了基礎問題，但是卻很少有新知，或新觀點，這表明一些研究人員只是希望積累論文，而不是取得科研進展。

　　這些已測序的mtDNAs中，90%是后生動物，只有大約3%是原生生物，這樣的數據分布并沒有反映了真核生物多樣性，而是因為許多真核微生物難以培養，其mtDNAs也復雜，因此要完成測序不容易。不過這種現狀可能很快就會得到改善。

　　近期海洋微生物真核轉錄組測序項目已經啟動，Smith參與了該項目，項目發布了上百份海洋原生生物的轉錄組數據，這將有助于該領域的發展。宏基因組學也是微生物線粒體研究的一大阻力，目前也有一些新的進展。

　　進一步考慮，許多真核生物物種也需要其線粒體基因組更詳細的構架，Smith指出，也許熒光將傳統分子生物學技術與全線粒體基因組測序技術結合在一起，未來關于染色體結構、模式修復、復制和表達，以及線粒體系統中的蛋白質組等方面的研究將是熱點，通過這些不同領域的研究，線粒體基因組數據將會變得更為強大。

　　這篇文章最初發表在Briefings in Functional Genomics上。