基因工程工具酶主要包括限制酶、聚合酶、連接酶、修飾酶和核酸酶五大類，具體解釋如下：
1、DNA限制性內切酶
生物體內能識別并切割特異的雙鏈DNA序列的一種內切核酸酶。它是可以將外來的DNA切斷的酶，即能夠限制異源DNA的侵入并使之失去活力，但對自己的DNA卻無損害作用，這樣可以保護細胞原有的遺傳信息；
2、連接酶
它是一種封閉DNA鏈上缺口酶，借助ATP或NAD水解提供的能量催化DNA鏈的5'-PO4與另一DNA鏈的3'-OH生成磷酸二酯鍵；
3、聚合酶
系專司生物催化合成脫氧核糖核酸和核糖核酸的一類酶的統稱；
4、核酸酶
核酸酶有DNase、RNase、核酸酶S1等，可水解相應的DNA和RNA，核酸酶S1可降解單鏈DNA和RNA，用量增大也可降解雙鏈核酸，它可用于切去ds-cDNA合成中產生的發夾環；
5、修飾酶
體內有些酶可在其他酶的作用下，將酶的結構進行共價修飾，使該酶活性發生改變，這種調節稱為共價修飾調節。
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