大腸桿菌基因型及遺傳符號說明系列一

發布時間：2019-11-13 12:39 原文鏈接：大腸桿菌基因型及遺傳符號說明系列一

實驗室的一般大腸桿菌擁有4288條基因，每條基因的長度約為950bp,基因間的平均間隔為118bp（基因Ⅷ）。E.coli基因組中還包含有許多插入序列，如λ-噬菌體片段和一些其他特殊組份的片段，這些插入的片段都是由基因的水平轉移和基因重組而形成的，由此表明了基因組具有它的可塑造性。

利用大腸桿菌基因組的這種特性對其進行改造，使其中的某些基因發生突變或缺失，從而給大腸桿菌帶來可以觀察到的變化，這種能觀察到的特征叫做大腸桿菌的表現型（Phenotype），把引起這種變化的基因構成叫做大腸桿菌的基因型（Genotype）。具有不同基因型的菌株表現出不同的特性。

分子克隆中常用的大腸桿菌及其遺傳標記按Demerec等1966年提出的命名原則，采用的菌株所有的基因都假定處于野生型狀態，除非在基因型上另外注明。

大腸桿菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）

一、一般規則：

1、根據基因產物或其作用產物的英文名稱的第一個字母縮寫成 3個小寫斜體字母來表示。例如：DNA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一個突變所產生的表型變化可能相同，其表示方法是在 3個小寫斜體字母后加上一個斜體大寫字母來表示區別。例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突變位點應通過在突變基因符號后加不同數字表示。如 supE44（sup基因座E的44位突變）。如果不知道幾個等位基因中哪一 /幾個發生了功能性突變，則用連字符“ -”代替大寫字母，如 trp-31。

4、細菌的基因型中應該包含關于其攜帶的質粒或附加體的的信息。這些符號包括菌株攜帶的質粒或附加體、質粒或附加體上的突變基因座和突變位點。其基因符號應與基因座的表示符號明顯區別，符號的第一個字母大寫、不斜體并位于括號內；質粒或附加體上的突變基因座和突變位點的基因符號的表示方法與染色體上突變基因座、突變位點的符號相同。

5、對于攜帶附加體的菌株的完整基因型描述應包括附加體的狀態（游離或整合）。以 F因子為例，F-:F因子缺失； F+:自主性 F因子，不攜帶任何遺傳可識別染色體片段； F':攜帶有遺傳可識別細菌染色體片段的自主性 F因子；Hfr:整合到染色體上的 F因子（ high frequency of recombination）。當這些質粒或噬菌體片段變異或缺失時，用（）“或 ”/“等以區別。例如：/F' [traD36、proAB、lac I q、lacZ. M15]

6、某個基因或某個領域缺失時，在其基因型前面加上“ ”表示。例如： lac-proAB基因缺失時它的基因型表示為（lac-proAB）。

7、由于某種基因的變異導致大腸桿菌可以明顯觀察到特征變化，有時也用其表現型代替基因型進行表示。例如：某些抗藥性的獲得或喪失，用如下方式表示： Streptomycin抗性→Str +或 Str r，Ampicillin敏感性→ Amp-。（第一個字母要大寫，“+”或“r”表示有抗性，“-”表示無抗性或敏感）。

8、根據某些特異性蛋白的變異及其導致的結果變化進行表示。例如：TH2菌株上有一種基因型表示如下：hsdS20 （rB-、mB-），其中 S20代表特異性識別蛋白發生變異，（）中的 rB-、mB-表示由于 S20的變異而導致 B株來源的 hsdR和 hsdM的功能缺失。

9、蛋白質的名稱與對應的基因或等位基因相同，但不用斜體，且首字母大寫，如， UvrA、 UvrB。