昨天被一個可以直接錨定在MHC-I類分子上的抗源遞呈方式整弱智了，今天特地惡補了一下姿勢，終于揭開了天天掛在嘴邊的MHC和抗原肽的結合方式。
MHC以其產物結合并提呈抗原肽供TCR識別，必然涉及MHC分子和抗原肽的結合。MHCⅠ、Ⅱ類分子接納抗原肽的結構，是位于該分子遠膜端的抗原結合槽 。不同點是，Ⅰ類分子凹槽兩端封閉，接納的抗原肽長度有限，為8~10個氨基酸殘基；Ⅱ類分子凹槽兩端開放，進入槽內的抗原肽長度變化較大，為13~17個氨基酸殘基，甚至更多。
抗原肽和HLA分子相互作用的分子基礎
分析從HLA分子抗原結合槽中洗脫下來的各種天然抗原肽的一級結構，發現都帶有兩個或兩個以上與MHC 分子凹槽相結合的特定部位，稱錨定位。該位置的氨基酸殘基稱為錨定殘基 (anchor residue)。下圖是兩種小鼠MHCⅠ類等位基因分子各自接納的抗原肽，其長度為八和九個氨基酸殘基。八肽錨定位在p5（錨定殘基Y和F）和p8（錨定殘基L）；九肽錨定位在p2及p9，p2的錨定殘基為Y，p9為V、I、L中的一種。由此得出，兩種I類分子接納抗原肽時，各自有特定的共用基序（consensus motif），分別為x-x-x-x-Y/F-x-x-L和x-Y-x-x-x-x-x-x-V/I/L（x代表任意氨基酸殘基）。
抗原肽和MHC分子相互作用的特點
特定的MHC分子可憑借所需要的共用基序選擇性地結合抗原肽，在這個意義上，兩者的結合具有一定的專一性。由此推知，不同的MHC等位基因產物有可能提呈同一抗原分子的不同表位，造成不同個體（帶有相互有別的MHC等位基因）對同一抗原應答強度的差異。這實際上是MHC以其多態性參與和調控免疫應答的一種重要機制。
深入研究發現，MHC分子對抗原肽的識別并非呈現嚴格的一對一關系，而是一種類型的MHC分子可以識別一群帶有特定共同基序的肽段，由此構成MHC分子與抗原肽相互作用的包容性（flexibility）。
這一包容性可表現在不同層次：
第一，共同基序中以 ‘x’ 表示的氨基酸，其順序和結構可以改變；
第二，同一MHC分子（特別是Ⅱ類分子）所要求被提成肽段的錨定殘基往往不止一種氨基酸，結果是，符合某一共同基序的肽段數量可以相當地多，造成一種MHC分子有可能結合多種抗原肽，活化多個抗原特異T細胞克隆；
第三，不同MHC分子接納的抗原肽，也可以擁有相同的共用基序。
例如，在HLAⅠ類分子中至少已經確認了A2、A3、B4、B44四個家族，這些家族中的成員可選擇性地共同識別擁有相同或相似錨定殘基的抗原肽。這意味著，能夠被某一HLA分子識別和提呈的抗原肽，也可被該家族其他分子所提呈。這一點，對應用肽疫苗或T細胞疫苗進行免疫預防和免疫治療提供了便利。
身邊最基礎的知識也有大文章，搞懂最基本的原理才能做最復雜的應用，所以書讀的少的趕緊回家翻書柜吧。