定位全基因組范圍DNA修復的新方法

　　北卡羅來納大學的研究人員近日開發出一種全基因組范圍的測序分析，可定位DNA切除修復。這種被稱為切除修復測序（XR-seq）的方法發表在新一期的《Genes & Development》雜志上。

　　這項研究的通訊作者是北卡羅來納大學醫學院生物化學及生物物理系的Aziz Sancar以及芝加哥大學人類遺傳學系的Jason D. Lieb。Sancar在一份聲明中表示：“在60億個堿基對中，挑選出一個位點，我們將告訴你它是如何修復的。”

　　當紫外線（UV）或其他一些物質造成基因組損傷時，此位點的一些DNA片段被切下，隨后與TFIIH蛋白結合。利用與酶結合的抗體，研究人員能夠分離出DNA片段-蛋白質復合物，并將它們拉出細胞，進行測序。然后研究人員能夠將片段定位回基因組中，顯示DNA修復發生在哪個位置。

　　據研究人員介紹，對于細胞中兩種類型的UV誘導損傷：環丁烷嘧啶二聚體（CPD）和(6-4)嘧啶-嘧啶酮光產物（(6-4)PPs），XR-seq能夠產生核苷酸分辨率的修復圖譜。他們發現，在野生型細胞中，CPD修復是與轉錄高度相關的，特別是模板鏈。

　　研究表明，細胞中不編碼蛋白質的DNA調控區域也被修復。文章的共同第一作者Sheera Adar博士表示：“如果它們被修復，那么它們可能是很重要的。如今，我們正在尋找它們在整個基因組中的位置。”

　　此外，研究人員表示，這種分析也能發現癌細胞中修復DNA損傷的特定機制。他們在文中寫道，XR-seq以及所產生的修復圖譜將有助于研究基因組位置、染色體背景、轉錄和復制對DNA修復的影響。

　　如今，DNA損傷修復的研究已成為熱點。2014年，圖賓根大學和德國癌癥研究中心的研究人員報告了一種qPCR方法，來定量細胞核和線粒體基因組中的DNA損傷。這項成果發表在《Nucleic Acids Research》上。

　　2014年12月，《Nature Biotechnology》也發表了一項研究，詳細介紹了利用測序方法來檢測DNA中的雙鏈斷裂，包括基因組編輯的核酸酶所產生的。這種被稱為GUIDE-seq的方法利用一種短雙鏈寡核苷酸來標記CRISPR-Cas誘導的脫靶斷裂，測序這些標簽所在的基因組區域，就能夠確定脫靶突變的位置。