質譜測量中，將需要測量的質量峰按順序采集一遍稱為一個循環或稱一個掃描（scan），幾個循環劃成一組，取一組數據（平均值與標準偏差），多組數據進行統計計算后得到最終結果（平均值與標準偏差）。
平均值和標準偏差的計算公式為：
離子流累積測量要求在測量的間隙同時測量本底數據，用累積數據減去本底數據，可得到扣除本底的原始數據。
在測量過程中，一些偶發因素，如電壓波動、機械振動等不可控的原因，會使得個別數據明顯偏離正常范圍。對于這類異常的數據，可在數據處理時加以剔除。異常數據的判定與剔除可采用標準的數據處理方法進行。
采用離子脈沖計數法測量時，需要對數據的死時間校正。校正公式如下:
式中，N0為校正后的計數率；Nc為測量得到的計數率。一般計數測量系統的死時間值（τ）可通過測量標準樣品的方法得到。
倍增器或微通道板測量中的增益校正和計數效率校正也是數據處理中需注意的問題。由于倍增器的增益會隨時間發生變化，因此數據采集過程中應附加跳峰過程，使一束適當強度的離子流交替被法拉第杯和倍增器測量，從而可用該離子流跟蹤校正倍增器相對于法拉第的增益。
對于測量過程中離子流緩慢變化的情況（如熱表面電離的離子源），如果采用單接收器跳峰法測量同位素豐度，應當采用時間校正的方法將測量得到的幾個數據推算到同一時刻的離子流強度之后再做比值。
總之，質譜測試數據的處理方法多種多樣，如數據的統計信息、最小二乘法、不確定度的評定等。對應不同應用領域和不同的測試目的，應有不同的數據處理方法。