小腸損傷的病理改變決定于小腸的受力程度和部位以及有無合并損傷等。
1.閉合性腸損傷
閉合性腸損傷的病理表現為腸壁的挫傷，血腫和破裂，輕微的腸壁挫傷時，受傷的腸管僅有局部充血，水腫，腸壁的組織連續性沒有受到破壞，血液供應尚好多能自行愈合，嚴重的挫傷可使受傷的腸黏膜失去應有的完整性，局部缺血的范圍超過側支循環代償的程度，最終將發展為潰瘍，腸壁壞死出現穿孔，腸內容物和細菌可自穿孔的腸壁進入腹腔引起腹膜炎，挫傷的腸壁愈合后也可能形成腸管的瘢痕性狹窄。
腸壁裂傷后的病理改變隨損傷深度和范圍不同而異，對于沒有損害到肌層的單純性黏膜裂傷和范圍不大的單純性漿膜層裂傷，能依靠機體自身的修復能力使損傷愈合，不發生明顯的臨床癥狀也無后遺癥，損害到漿肌層的裂傷可有明顯滲血和炎癥改變，甚至在損傷部發生腸破裂，若黏膜裂傷累及黏膜下血管可在局部出血的基礎上造成感染及腸穿孔，因此對較重的腸壁裂傷盡管早期沒有出現嚴重的并發癥，為防止其隱患的存在還必須強調治療上的主動性。
空回腸在腹腔中較其他器官游離，發生血管損傷造成血腫的機會相對較少，但空腸上段及回腸末段的腸管較為固定，系膜短，缺乏緩沖能力，受到外力直接作用后可損傷腸系膜上動靜脈或腸系膜下動靜脈及其分支血管，形成血腫塊，對腸壁的威脅嚴重，少量持續出血可沿腸間蔓延發展成較大血腫影響腸管的血運，血腫發展到一定程度可突破漿膜或黏膜，嚴重的可出現失血性休克或死亡，在血腫的基礎上可發生繼發的腸潰瘍，穿孔，腹腔膿腫，腹膜炎等。
2.開放性腸損傷
開放性腸損傷的特點是腹壁和腸管同時受傷，有時可見腸內容物經由腹壁傷口流出，在處理腹腔異物時必須注意尋找異物相對腸壁的出口和入口，多數傷口為對口性，槍彈傷的彈道可以在腸腔內潛行一段距離，致使在腸管表面兩個破裂口的距離較遠，大的彈片損傷范圍局限，鋼珠彈可能造成數量多達幾十處的腸管損傷，破裂口小，分布面廣容易被遺漏，當損傷的軌跡與腸管呈切線方向，穿透物恰巧停留在腸腔內或損傷的力度未能達到腸壁的另一側時可能只有一個破裂口。
開放性小腸損傷的病理改變主要為腹膜炎，小的穿孔僅有極少量的腸內容進入腹腔，除了局部的腹膜炎以外缺乏其他癥狀，小腸損傷破裂較大，或來院就診的時間稍晚，可經腹壁開放創口內流出胃腸道內容物或溢出氣體，更嚴重的損傷可能經由腹壁創口流出血液或受損的腸管，網膜等組織。