來自山東省醫學科學院、北京化工大學、中國醫學科學院等機構的研究人員,采用綜合功能基因組學方法揭示出EPB41調節異常與肝細胞癌風險有關。這一研究發現發布在Cell出版社旗下的《AJHG》雜志上。
山東省醫學科學院的楊明(Ming Yang)研究員是這篇論文的通訊作者。其研究方向包括腫瘤分子遺傳學,包括腫瘤相關lncRNA功能鑒定、基于納米載體的腫瘤基因治療、腫瘤藥物基因組學、腫瘤遺傳易感性等等,已發表SCI論文74篇。
肝細胞性肝癌(HCC)是臨床常見的惡性腫瘤之一,位于全球惡性腫瘤死因的第3位。慢性病毒感染、酒精性肝病、年齡、性別、糖尿病、家族史和種族等均與其發生和發展相關,是多因素、多基因突變的復雜病變過程。HCC早期診斷困難,生存期短。盡管一些全基因組關聯研究(GWASs)提供了有關肝癌遺傳學的許多重要見解。當前對于GWASs確定的許多易感單核苷酸多態性(SNPs)在癌癥遺傳可能性和促進癌癥風險中的分子機制仍不清楚。一些新的研究策略,包括功能評估可確保系統地探究真正的因果遺傳變異。
在這項新研究中,研究人員開發了一種綜合功能性基因組學方法,鑒別了整個基因組一些轉錄因子結合位點中的癌癥易感性SNPs。通過綜合來自c-Myc cistromics、1000 Genomes和TRANSFAC matrix的功能基因組數據,他們成功注釋了c-Myc cistrome中的12個 SNPs,這些SNPs具有與調節HCC中c-Myc結合親和力一致的一些特性。
在1,806名乙肝病毒(HBV)相關HCC患者和1,708名對照受試者中對這12 個SNPs進行基因分型后,研究人員在中國人群中鑒別出了一個HCC易感性SNP:rs157224G>T。這一多態性通過改變c-Myc介導的EPB41轉錄調控,促成了HCC易感性,風險rs157224T等位基因顯示基因表達顯著下降。
基于細胞增殖、創傷愈合、侵襲小室實驗(Transwell assay)和小鼠移植瘤模型,研究人員在體內外確定了EPB41是一個HCC易感基因。與這一觀點相一致,他們注意到相比正常組織,在HCC組織樣本,尤其是門靜脈轉移灶或肝內轉移灶中EPB41表達顯著下降。
這些研究結果表明一些調控性遺傳變異與HCC相關,并通過采用一種全基因組方法提供了有關這一惡性腫瘤發病機制的一些重要認識。
根據發表在2016年4月18日Nature Cell Biology雜志上的一篇研究論文,科學家們有可能發現了肝癌的一個重要的新診斷標志物。由德克薩斯大學MD安德森癌癥中心領導的這項研究發現,叫做己酮糖激酶或果糖激酶(KHK)的一個基因在正常肝組織及肝腫瘤中呈差異性表達。研究結果揭示,相比于健康細胞,肝癌細胞中的果糖代謝水平明顯降低。
北京大學工學院的席建忠領導研究人員在新研究中證實,在人類和小鼠中miR-122靶向不同的TGFβ信號通路影響了肝癌轉移。這一研究發現發布在2016年3月18日的Nature Communications雜志上。
研究人員在一項研究中發現了肝癌的“壞種子”,并相信將來有一天能夠重編程它們對癌癥治療保持反應。這項研究發布在2015年12月24日的Cell Metabolism雜志上。NANOG在早期癌癥中少見,但在III期肝癌中卻有著豐富的NANOG。它通過重新連線細胞能量工廠——線粒體中的代謝促進了癌癥擴散。
標準DNA條形碼憑借通用引物適配性強和測序成本低等優勢,廣泛應用于生物多樣性保護與溯源等領域。針對近緣種、雜交頻繁及近期輻射演化的復雜類群,標準DNA條形碼因序列變異度有限,分辨率不足,難以滿足精準鑒......
美國肯塔基大學馬丁·加頓農業、食品與環境學院團隊利用一頭雌性騾子的DNA,繪制出迄今最完整的馬和驢參考基因組,使科學家能夠進一步解析過去難以測序和組裝的著絲粒、端粒等復雜DNA區域,為研究染色體功能、......
在國家自然科學基金項目(批準號:32125009、32430017)等資助下,西安交通大學葉凱團隊在基因組三維結構演化領域取得新進展。研究團隊創建了染色質長距離互作捕捉計算方法和跨物種分析手段,首次勾......
自21世紀初具有里程碑意義的人類基因組解碼工作完成以來,DNA測序技術迎來了爆發式發展。傳統計算機已難以滿足海量的數據與激增的算力需求,這推動人們尋求替代方案。如今,量子計算距離實用又近了一步。科學家......
南亞地區的人們以酸奶、印度奶酪和印度酥油等乳制品為食。現在,這一地區正幫助解開一個長期存在的謎題:人類是如何獲得消化牛奶的能力的。一項針對印度、巴基斯坦和孟加拉國現代及古代人類基因組的研究表明,一種能......
一項發表在最新一期《自然》雜志上的研究,通過對生活在10200至150年前的南非個體基因組進行分析,證實了在南部非洲,一群智人在半隔離的狀態下生活了數十萬年。這是迄今規模最大的對非洲古代DNA的研究,......
? 在美國人類遺傳學會(ASHG)年會上,因美納5堿基解決方案的早期試用客戶——倫敦健康科學中心研究所將展示該技術在加速罕見病病例解析方面的強大潛力。? 因美納專有的5堿基化學技術......
人類基因組中存在大量具有"跳躍"能力的逆轉座子(retrotransposon)序列。在胚胎發育早期、免疫和神經系統等特定階段和環境下,它們會被激活,發揮重要生理功能;在病毒感染、......
橡膠樹是天然橡膠的主要來源。“橡膠樹育種面臨的主要困難在于周期長和效率低,通過常規育種方法將多抗、高產性狀聚合往往需要30~40年。”中國熱帶農業科學院橡膠研究所研究員程漢告訴《中國科學報》。然而,目......
記者宋喜群、馮帆從山東農業大學獲悉,該校農學院教授孔令讓研究團隊首次組裝了小麥遠緣雜交常用物種中間偃麥草和鵝觀草染色體水平的高質量基因組序列,解析了二者基因組結構差異與獨立多倍化演化路徑,對兩者攜帶的......