★ 強大、無偏且低成本的4D-蛋白質組學技術應用于超高特異性的蛋白質鑒定與定量，可實現高置信度的大規模血漿蛋白質組學分析。
★ 每種細胞系可以鑒定超過10萬條多肽，每種蛋白質鑒定對應超過10條多肽，高序列覆蓋率顯著提升蛋白鑒定置信度，實現超高特異性的蛋白質組學分析（HiFi Proteomics）。
A 全新diagonal-PASEF?采集模式，可應用于免疫肽組學和蛋白翻譯后修飾分析。
B 100美元即可實現高置信血漿蛋白質組學，使用PreOmics ENRICH?試劑盒和穩健的timsTOF HT質譜平臺，可以進行深度、無偏的大規模血漿蛋白質組學研究，特異性高達99%（1% FDR）；與此同時，Biognosys推出了P2富集策略和Spectronaut? 19數據分析整體服務，用于超高深度血漿蛋白質組學，可鑒定出7000-9000種蛋白質；也可選擇整合Alamar Bio公司的超高靈敏度NULISA? inflammation和CNS multiplex panel 試劑盒。
C 結合Glyco-PASEF?數據采集模式、ENRICHplus試劑盒和GlycoScape?分析軟件可在timsTOF Ultra 2上實現超高靈敏度血漿糖肽分析。
D 基于機器學習加持的TIMSrescore?算法可以提升免疫肽組學和蛋白翻譯后修飾鑒定數目；同時可以實現超高置信宏蛋白質組學研究（0.1% FDR）。
E 整合蛋白質組學、脂質組學和代謝組學分析視角，推動4D-多組學技術的發展。
2024年10月21日德國德累斯頓 —— 布魯克（納斯達克股票代碼：BRKR）在第23屆人類蛋白質組組織世界大會（HUPO 2024）上，發布了其在深度、無偏和高靈敏度4D-蛋白質組學方面取得的進展，將為穩健、高置信度、大規模的組學研究提供幫助。
A diagonal-PASEF?顯著提高特異性和蛋白質組學鑒定深度
2023年, Dr. Matthias Mann（德國馬普所）和Dr. Stefan Tenzer（美因茨大學）兩位關鍵合作者，利用掃描四極桿和捕集離子淌度技術（TIMS），開發了全新的diagonal-PASEF?掃描技術，他們還分別開發了synchro-PASEF?和midia-PASEF?技術。在布魯克及合作伙伴的共同努力下，現在Spectronaut?19、DIA-NN 1.9、MaxQuant 2.6.3和midiaID軟件可以支持不同采集模式原始數據解析。
Synchro-PASEF?憑借更高離子利用率、更短循環時間、多達3倍的信號強度提升等優勢，可以實現高通量數據采集，同時確保定量精度。midia-PASEF?通過提取類似DDA的譜圖進行從頭測序分析，并對海量數據庫進行搜索，從而給出更高置信度的免疫肽組學和翻譯后修飾信息。
Dana-Farber癌癥研究所（哈佛醫學院）的Jarrod Marto博士參與了midia-PASEF?的早期研究，他評論道：“我們的實驗室利用timsTOF質譜平臺來了解基因組改變或小分子探針如何在功能蛋白質組中發揮作用。我們的評估結果非常好，現在正在探索midia-PASEF?在翻譯后修飾以及MHC領域用于肽段定量分析的潛力。”
B 100美元級別的高深度高置信度血漿蛋白質組分析
布魯克公司引領高深度、無偏的血漿蛋白質組分析，具有高通量、高置信度優勢，并為大規模研究提供經濟可行的研究方案。PreOmics ENRICH-iST或ENRICHplus試劑盒、timsTOF HT穩健且準確（99%特異性，1% FDR）的蛋白質鑒定與Spectronaut?19相結合，可實現高深度、無偏、高置信度的大規模血漿蛋白質組學研究，每個血漿樣品的成本可低至100美元。[PreOmics]
生物制藥公司可以通過Biognosys提供的研究服務，使用其專有的P2超深度血漿富集技術，在血漿蛋白質組研究中實現7000種蛋白質的鑒定深度，在較低通量下可達9000種。[Biognosys]
C timsTOF Ultra 2 高靈敏度血漿糖肽分析
布魯克公司推出的glyco-PASEF?糖蛋白質組學數據采集模式針對超高靈敏度的timsTOF Ultra 2對人類血漿樣本進行了優化。新方法結合ENRICHplus試劑盒，能讓鑒定的糖肽數量翻倍，后續可使用GlycoScape?軟件進行集成的深度糖生物學分析。
D 高序列覆蓋率及基于機器學習加持的TIMSrescore?新算法
timsTOF質譜平臺現在可以在20分鐘內，從人類細胞系蛋白質組學中鑒定出超過10w種肽段，且進樣量小于1μg，平均每個蛋白鑒定對應超過10條多肽，具有超高序列覆蓋率，這對于可靠的鑒定和定量、異構體分析、翻譯后修飾以及免疫肽組學和宏蛋白組學至關重要。
布魯克公司與根特大學Lennart Martens博士團隊共同開發了TIMSrescore算法。借助機器學習技術分析碰撞截面、保留時間和碎片離子強度，TIMSrescore可為dda-PASEF?提供高置信度的肽段鑒定。在蛋白質翻譯后修飾和宏蛋白質組學分析中，超高置信度和卡值條件（99.9%特異性和0.1% FDR）對于區分高度相似的蛋白質尤為重要。
根特大學醫學中心生物信息學副主任Lennart Martens博士表示：“我們的團隊很高興看到蛋白質組學界對于TIMS2Rescore的認可。通過與布魯克ProteoScape?軟件集成，將MS2rescore擴展到timsTOF用戶端，使我們基于機器學習的信息能夠最大化4D-蛋白質組學的價值”。
E 蛋白質組和代謝組的多組學可視化工具
布魯克公司的ProteoScape?軟件現在提供來自MetaboScape?代謝組和脂質組的4D-多組學數據可視化和統計分析。用戶可實現降維（如PCA、LDA或t-SNE）和差異分析，以及直觀的可視化，例如交互式多組學火山圖。
牛津大學副教授Roman Fischer博士評論道：“我們使用timsTOF進行蛋白質組和脂質組研究。ProteoScape?和MetaboScape?的實時分析能力非常強，能夠將數據轉化為生物學信息。布魯克現在通過交互式多組學可視化和統計分析整合了這兩個領域，向前跨越了很大一步。”
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