應用計算機手段分析植物病原細菌Ralstoniasolanacearum的蛋白質序列

摘要: 應用SignalP 310,L ipoP和TargetP對植物病原細菌Ralstonia solanacearum 基因組中的3 440個ORFs (openreading frames)進行了信號肽分析,同時系統分析了信號肽的類型及結構。結果表明, 3 440個ORFs中有462個ORFs所編碼蛋白質具有N - 端有信號肽序列,其中348個分泌類信號肽、100個信號肽具有RR - motif信號肽,14個脂蛋白類信號肽,未發現Prep ilin2like信號肽和Bacteriocin and Pheromone信號肽。在這462個具有可切割信號肽的分泌蛋白中,有8410%蛋白質為胞外分泌型( S型) , 1312%為線粒體分泌型(M型) ,另外有2. 8%為其它類型的分泌蛋白。通過L ipoP分析該菌的全基因組預測具有4種類型蛋白質,其中其中Sp I有425個,占1213%; Sp II有80 個,占213%; CYT有2 541 個,占7319%; TMH 有414 個,占1210%。比較了Ralstonia so2lanacearum 和Pseudom onas sy ringae pv. tom ato信號肽的長度及氨基酸的組成,發現這兩種菌在這些方面存在這很大程度的相似性。本研究通過對Ralstoniasolanacearum 進行分泌蛋白和信號肽結構的分析,為將來功能基因組和分泌型外源蛋白的利用提供理論基礎。