非修飾的引物的分子量（MW）在隨引物提供的報告單上可以找到。如果需要估計一個引物的分子量按每個堿基的平均分子量為324.5，引物的分子量=堿基數 x堿基的平均分子量，或按下列公式計算MW= (NA * WA) + (NC * WC) + (NG * WG) + (NT * WT) +(Nmod * Wmod)＋(Nx * Wx)+( NI* WI) +16* Ns–62.
NA, NG, NC, NT, NI分別為引物中堿基A或G或C或T或I的數量，WA, WG ,WC, WT, WI分別為引物中堿基A或G或C或T或I的分子量，Nmod，Wmod分別為修飾基團的數目和分子量。對于混合堿基的分子量為混合堿基的分子量總合除以混合數，例如G+A混合的分子量為（313.21+329.21）/2 = 321.21。Ns為硫代數目，硫代每個位置增加分子量16。
常規堿基分子量
Base | Molecular Weight |
A | 313.21 |
C | 289.18 |
G | 329.21 |
T | 304.19 |
I | 314.2 |
U | 290.17 |
常規修飾基團分子量
5’-Biotin | 405.45 | 3’-TAMARA | 623.60 |
5’-(6 FAM) | 537.46 | 3’-Dabsyl | 498.49 |
5’-HEX | 744.13 | 3’-(6 FAM) | 569.46 |
5’-TET | 675.24 | 3’-Amino Modifier C3 | 153.07 |
5’-Cy5 | 533.63 | 3’-Amino Modifier C7 | 209.18 |
5’-Cy3 | 507.59 | 3’-Thiol Modifier C3 | 154.12 |
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