張永振組報道新型冠狀病毒臨床，流行病學特征

　　SARS和Zika等新興傳染病對公共衛生構成了重大威脅。盡管進行了廣泛的研究，但是如何，何時何地出現新疾病仍然是不確定的來源。最近在中國湖北省武漢市報告了一種嚴重的呼吸系統疾病。自第一位患者于2019年12月12日住院以來，截至2020年2月3日，已報告至少17205例病例。流行病學調查表明，此次暴發與武漢的海鮮市場有關。 2020年2月3日，復旦大學張永振團隊在Nature 在線發表題為“A new coronavirus associated with human respiratory disease in China”的研究論文，該研究報告了一名在海鮮市場上工作的患者，該患者于2019年12月26日入住武漢市中心醫院，患有嚴重的呼吸系統綜合癥，包括發燒，頭暈和咳嗽。支氣管肺泡灌洗液樣品的基因組RNA測序，鑒定了一種新型的RNA冠狀病毒，在此稱為為WH-Human-1冠狀病毒（也是后面稱為的2019-CoV）。對完整病毒基因組（29,903個核苷酸）的系統進化分析表明，該病毒與一組SARS樣冠狀病毒最相似（89.1％核苷酸相似性）。2019-nCoV和SARS-CoV RBD結構域之間氨基酸序列的高度相似性和預測的蛋白質結構表明，2019-nCoV可能有效地利用人ACE2作為細胞進入受體，潛在地促進了人與人之間的傳播。

　　2019-nCoV與蝙蝠冠狀病毒最密切相關，甚至在nsp7和E蛋白中與Bat-SL-CoVZC45表現出100％的氨基酸相似性。 因此，這些數據表明蝙蝠可能是2019-nCoV的宿主。 但是，由于首次報告該病時市場上有多種動物在出售，因此需要更多的工作來確定2019-nCoV的天然宿主和中間宿主。

　　研究的患者是一名41歲的男性，無肝炎，結核病或糖尿病病史。他病發六天后于2019年12月26日在武漢市中心醫院住院。患者在就診一周后報告發燒，胸悶，無力咳嗽，疼痛和無力。心血管，腹部和神經系統檢查均正常。觀察到輕度的淋巴細胞減少癥，但在全血細胞計數（CBC）測試中，白細胞和血小板計數正常。在血液化學測試中，觀察到C反應蛋白升高，并且天冬氨酸轉氨酶，乳酸脫氫酶和肌酸激酶的水平略有升高。通過動脈血氣（ABG）測試，該患者患有輕度低氧血癥。在入院的第一天（發病后的第6天），胸部X線照片異常，并伴有空域陰影。初步的病原學調查排除了流感病毒，肺炎衣原體和肺炎支原體的存在。盡管進行了抗生素，抗病毒和糖皮質激素的聯合治療，但患者表現出呼吸衰竭，并接受了高流量無創通氣。治療三天后患者的病情沒有改善，他被送進了重癥監護室（ICU）。該患者入院6天后被轉移到武漢的另一家醫院接受進一步治療。

　　武漢市疾病預防控制中心（CDC）的流行病學調查顯示，該患者在當地的室內海鮮市場工作。值得注意的是，除魚類和貝類外，在暴發開始之前，該市場上還出售各種活的野生動物，包括刺猬，蛇和鳥類（斑鳩），以及動物尸體和動物肉。盡管患者可能與市場上的野生動物接觸過，但他回憶說沒有接觸活禽。

　　為了調查與該疾病相關的可能病原，研究人員收集了支氣管肺泡灌洗液（BALF）并進行了深轉錄組測序。臨床標本在上海公共衛生臨床中心的生物安全3級實驗室中處理。從200μlBAL液中提取總RNA，并使用Illumina MiniSeq構建亞轉錄組文庫，用于成對末端（150 bp）測序。該研究總共產生了56,565,928個從頭開始的序列讀取組裝并篩選潛在的病原體。在Megahit組裝的384,096個重疊群中，最長的（30,474個核苷酸[nt]）具有很高的豐度，并且與蝙蝠SARS樣冠狀病毒分離株bat-SL-CoVZC45高度相似。分別通過RT-PCR和5'/ 3'RACE試劑盒（TaKaRa）確定并確認了這種新型病毒的基因組序列及其末端。將該新病毒命名為WH-人類1型冠狀病毒（WHCV）（也稱為“ 2019-nCoV”），其整個基因組序列（29,903 nt）上傳到GenBank，登錄號為MN908947。通過定量PCR（qPCR）估計BALF樣品中的病毒載量為3.95×10^8拷貝/ mL。

　　對完整病毒基因組（29,903個核苷酸）的系統進化分析表明，該病毒與一組SARS樣冠狀病毒最相似（89.1％核苷酸相似性）。2019-nCoV和SARS-CoV RBD結構域之間氨基酸序列的高度相似性和預測的蛋白質結構表明，2019-nCoV可能有效地利用人ACE2作為細胞進入受體，潛在地促進了人與人之間的傳播。

　　盡管在中國的蝙蝠中廣泛發現了SARS樣病毒，但與SARS-CoV相同的病毒尚未記錄。 值得注意的是，2019-nCoV與蝙蝠冠狀病毒最密切相關，甚至在nsp7和E蛋白中與Bat-SL-CoVZC45表現出100％的氨基酸相似性。 因此，這些數據表明蝙蝠可能是2019-nCoV的宿主。 但是，由于首次報告該病時市場上有多種動物在出售，因此需要更多的工作來確定2019-nCoV的天然宿主和中間宿主。