從市場應用來看，目前還只是集中在生物、醫藥等領域，其他更多還處于科研探索階段。
體外診斷(IVD)
從目前的應用來看，體外診斷是微流控技術的最大應用場景。而體外診斷中，微流控技術的重點應用在于化學發光(免疫診斷)和分子診斷中。
作為IVD的細分，POCT是現場即時采樣分析、快速得到檢測結果的一類新檢測方法。POCT近年發展趨勢良好，市值穩健增長，2018年POCT全球市值近250億美金。
雅培i-STAT血氣分析儀臨床血液分析系統 ，是微流控技術商業化的 POCT經典之作。
Bio-Rad、Stilla Technologies等公司生產的微滴式數字PCR用到微流控技術。
羅氏分子診斷產品——羅氏cobas Liat也是用到了非傳統的微流控芯片結構。
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生命研究
器官芯片。微流控器官芯片是只有手機記憶卡大小的人體器官微縮模型，可以使研究人員用前所未有的方式檢驗生物機制和行為、檢驗過程、控制過程，能夠為醫學研究和藥物制造帶來徹底變革。
DNA分析和測序。Illumina、賽默飛等公司基因測序儀也使用了微流控技術來流動細胞。
當然除了以上應用領域，微流控技術在日用方面也嶄露頭角。美妝大亨香奈兒公司在2017年推出一款基于微液滴技術的山茶花保乳霜，據了解，這些乳霜液滴在皮膚上立即爆裂，保濕效果卓越。
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