我國科學家完成普通野生稻全基因組框架圖譜繪制

　　2010年8月，中國科學院昆明植物研究所植物種質資源與基因組學研究中心中科院“百人計劃”和云南省首屆高端科技人才入選者研究員帶領的植物種質資源、基因組學與生物信息學團隊，歷時一年，運用新一代高通量測序技術以及基于高性能超算的生物信息學分析，對野生稻全基因組測序取得了階段性重大成果。日前已經完成了普通野生稻基因組高覆蓋的序列測定、拼接和組裝工作，獲得了普通野生稻全基因組從頭測序的框架圖，基因組圖譜已達到國際領先的基因組圖譜標準。這是我國科學家自主完成的第一個野生稻全基因組測序計劃，也是世界上第一個完成的高雜合度野生稻全基因組框架圖譜。

　　本項目的完成主要依托于2009年底順利通過了國家驗收的國家大科學工程中國西南野生生物種質資源庫先進的基因組學與生物信息學平臺。測序工作主要由第二代高通量測序儀Solexa GA II完成，生物信息學分析則依托于種質資源庫建成的“中國科學院超算中心西南分中心”10萬億次/秒的計算能力、512 GB的大內存節點和100 TB存儲的超算平臺。普通野生稻全基因組是利用高通量、低成本的第二代Solexa測序技術對不同長度的shotgun文庫測序，輔以構建較長片斷文庫的454測序技術；項目還用454測序技術完成了多個組織轉錄組的測序工作，為基因組的準確注釋提供參考。研究表明，普通野生稻的基因組大小約為3.70億個堿基對，含有的基因總數目約為4.0萬個，測序深度已達基因組大小的70倍，測序結果已覆蓋92%的普通野生稻全基因組，基因覆蓋度約為90%以上。目前，項目組正在加緊繪制普通野生稻的基因組精細圖譜。

　　該項目的完成得到了云南省自然科學基金重點項目、云南省高端科技人才項目、中國科學院“百人計劃”海外杰出人才擇優支持項目和中科院方向性重點項目的大力支持。云南是亞洲栽培稻的遺傳多樣性中心之一，云南普通野生稻全基因組框架圖的完成，將大大促進云南野生稻資源的研究與發掘利用。