人類的疾病易感性和生理特征等常見性狀的差異,往往由DNA序列變化造成,這些DNA片段缺失、增加、異位等變化被統稱為遺傳變異。全基因組關聯研究(Genome-Wide Association Study,GWAS)是通過比對大量人群的遺傳信息,利用統計學檢測遺傳變異和性狀之間關聯性的方法。西湖大學的研究團隊開發了可用于百萬級生物樣本庫的全基因組關聯研究的分析工具,相關成果在《Nature Genetics》發表,題為:A generalized linear mixed model association tool for biobank-scale data。
隨著近年來十萬級、甚至百萬級大型生物樣本庫的出現,目前的GWAS分析工具已不能滿足數據分析的需求。該研究團隊開發了一款高效的廣義線性混合模型,克服了傳統分析工具耗時長等缺點,并且對硬件的要求較低。研究人員通過對包含兩百萬人的模擬樣本進行分析,發現這種工具預算效率最高時可達已有技術的36倍。利用這種工具分析英國生物樣本庫中的2989個疾病相關性狀也驗證了其穩健高效的特征,研究人員已將所有的關聯分析結果共享到在線數據平臺上以供生物醫學類研究參考。
此項成果不僅為超大型生物樣本庫關聯分析研究提供了有力工具,也為揭示人類復雜疾病遺傳奧秘帶來了新希望。
注:此研究成果摘自《Nature Genetics》,文章內容不代表本網站觀點和立場。
論文鏈接:
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00954-4
國際科學家團隊近日成功構建出真正意義上的人類完整基因組,同時包含來自父母雙方的全套染色體序列。這是迄今為止最完整、最高質量的人類基因組序列,填補了單個基因組最后的空白。該成果被稱為人類基因組學里程碑,......
近日,國際期刊《新植物學家》(NewPhytologist)在線發表了兩個高質量的菠菜野生種基因組序列。這項研究由中國農業科學院蔬菜花卉研究所菠菜遺傳育種課題組錢偉團隊完成,揭示了菠菜的染色體結構,并......
近日,內蒙古農業大學教授張和平帶領團隊建成全球最大、種類最全的原創性乳酸菌種質資源庫,分離保藏乳酸菌47000余株,相關成果在線發表于《科學通報》(英文版)。在人類歷史中,60%的食物都與乳酸菌發酵有......
從鴨嘴獸到藍鯨,每一種現代哺乳動物都是生活在大約1.8億年前的“共同祖先”的后裔。人們對“共同祖先”知之甚少,現在,一個國際研究小組通過計算重建了其基因組。該成果將發表在《美國國家科學院院刊》上,對理......
人類的疾病易感性和生理特征等常見性狀的差異,往往由DNA序列變化造成,這些DNA片段缺失、增加、異位等變化被統稱為遺傳變異。全基因組關聯研究(Genome-WideAssociationStudy,G......
據最新一期《自然》雜志報道,加拿大薩斯喀徹溫大學領導的國際團隊在一項對全球小麥生產具有里程碑意義的研究——10+基因組計劃中,對代表全球育種計劃的15個小麥品種的基因組進行了測......
小麥白粉病是嚴重威脅我國小麥生產的重要病害之一。推廣抗病品種是防治該病最經濟有效的措施,育種上主要利用全生育期抗性及成株期抗性基因。然而單一抗源抗性的頻繁喪失,使育種工作總是在......
據中國疾病預防控制中心網站消息,6月18日晚,中國疾病預防控制中心通過“新型冠狀病毒國家科技資源服務系統”正式發布2020年6月北京新發地新冠疫情及病毒基因組序列數據。三條數據來自北京市確診病例基因組......
《自然》雜志2月3日發表了新型冠狀病毒的基因組序列(論文:AnewcoronavirusassociatedwithhumanrespiratorydiseaseinChina),病毒樣本系從一名曾在......
近日,福建農林大學組織的“花生栽培種全基因組序列破譯”成果認證會上,該研究組在國際上首次破譯了花生栽培種基因組,成果總體處于國際同類研究領先水平。圖片來源于網絡花生是世界重要油料作物和第二大植物蛋白來......