從相似點開始, 這兩種設備都使用電子來獲取樣品的圖像。 他們的主要組成部分是相同的；
電子源；
電磁和靜電透鏡控制電子束的形狀和軌跡；
光闌。
所有這些組件都存在于高真空中。
現在轉向這兩種設備的差異性。 掃描電鏡（SEM）使用一組特定的線圈以光柵樣式掃描樣品并收集散射的電子（詳細了解SEM中檢測到的不同類型的電子）。
而透射電鏡（TEM）是使用透射電子，收集透過樣品的電子。 因此，透射電鏡（TEM）提供了樣品的內部結構，如晶體結構，形態和應力狀態信息，而掃描電鏡（SEM）則提供了樣品表面及其組成的信息。
而且，這兩種設備最明顯的差別之一是它們可以達到的最佳空間分辨率； 掃描電鏡（SEM）的分辨率被限制在?0.5nm，而隨著最近在球差校正透射電鏡（TEM）中的發展，已經報道了其空間分辨率甚至小于50pm。
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