數字PCR實現更精確的GMO分析

　　根據《PLoS One》上發表的一項最新成果，微滴式數字PCR(ddPCR)能精確定量轉基因生物中的轉基因拷貝數，且成本比定量PCR(qPCR)更低。

　　這篇文章的通訊作者是斯洛文尼亞國立生物學研究所的Dany Morisset。他認為，這項新研究是一個重要的案例研究，說明了微滴式數字PCR可用于GMO的準確定量。“我們嘗試用最嚴格的國際規則來驗證它。”

　　目前，qPCR是評估GMO的標準方法，但它并不太適合食品，因其含有分子抑制劑，可能干擾DNA擴增，導致不準確的拷貝數預測。

　　但一些研究人員認為，這不會對數字PCR造成困擾。數字PCR分析是將樣品作大倍數稀釋和分液，直至每個樣品中所含有的待測分子數不會超過1個，再將所有樣品在相同條件下進行PCR擴增，并對發生了擴增反應的樣品逐個進行計數。盡管數字PCR的概念已出現十多年，但成本以及缺乏驗證都減緩了它的采用速度。

　　在這項研究中，Morisset及其同事評估了多個不同樣品中的MON810轉基因玉米，以內源基因HMG作為內對照。研究小組也檢測了包含MON810玉米的樣品，這些樣品之前利用qPCR分析過。

　　利用Bio-Rad公司的QX100微滴式數字PCR系統，Morisset的研究小組發現與qPCR相比，該系統能夠更準確地定量多個有證標準物質(certified reference materials)中轉基因與內源基因的比例。此外，ddPCR反應對抑制劑也沒那么敏感。

　　在計算了試劑、耗材和勞動力成本之后，研究人員發現dPCR中每個樣品的成本為20.90美元，而qPCR中每個樣品的成本為22.30美元。而數字PCR中多個樣品可同時運行，因此更為經濟。

　　據Morisset介紹，qPCR和微滴式dPCR都比基于芯片的dPCR系統更為經濟，因每塊芯片的價格約為150-400美元。不過，之前也有研究表明，Fluidigm的BioMark系統是GMO分析的另一選擇。

　　此外，Morisset驚訝地發現，在ddPCR分析中建立二重反應如此簡單。只需要一天的培訓。研究開始時，QX100系統尚未在歐洲發布。Morisset聯系Bio-Rad，參與了早期試用計劃。在試用之后，他買了一臺。

　　研究小組也對Life Technologies和RainDance的dPCR平臺表現出了濃厚的興趣，他們希望競爭能壓低價格。“在GMO定量中，dPCR將越來越重要，”Morisset談道。