有機質譜儀：由于應用特點不同又分為：
① 氣相色譜-質譜聯用儀(GC-MS)。在這類儀器中，由于質譜儀工作原理不同，又有氣相色譜-四極質譜儀，氣相色譜-飛行時間質譜儀，氣相色譜-離子阱質譜儀等。
② 液相色譜-質譜聯用儀(LC-MS)。同樣，有液相色譜-四器極質譜儀，液相色譜-離子阱質譜儀，液相色譜-飛行時間質譜儀，以及各種各樣的液相色譜-質譜-質譜聯用儀。
③ 其他有機質譜儀，主要有：
基質輔助激光解吸飛行時間質譜儀(MALDI-TOFMS)
傅立葉變換質譜儀(FT-MS)