化學性質
木瓜蛋白酶是一種在酸性、中性、堿性環境下均能分解蛋白質的蛋白酶。它的外觀為白色至淺黃色的粉末，微有吸濕性；木瓜蛋白酶溶于水和甘油，水溶液為無色或淡黃色，有時呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有機溶劑。木瓜蛋白酶是一種含巰基(-SH)肽鏈內切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強的水解能力，但幾乎不能分解蛋白胨。
木瓜蛋白酶的最適合PH值6～7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性時亦有作用，等電點（pI）為8.75；木瓜蛋白酶的最適合溫度55～65℃(一般10～85℃皆可)，耐熱性強，在90℃時也不會完全失活；受氧化劑抑制，還原性物質激活。
催化機制
木瓜蛋白酶的剪切肽鍵的機制包括：在His-159作用下Cys-25去質子化，而Asn-158能夠幫助His-159的咪唑環的擺放，使得去質子化可以發生；然后Cys-25親核攻擊肽主鏈上的羰基碳，并與之共價連接形成酰基－酶中間體；接著酶與一個水分子作用，發生去酰基化，并釋放肽鏈的羰基末端。
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