1．腎上腺皮質激素，此類藥物在控制兩性霉素B的藥物不良反應時可合用，但一般不推薦兩者同時應用，因可加重兩性霉素B誘發的低鉀血癥。如需同用時則腎上腺皮質激素宜用最小劑量和最短療程，并需監測患者的血鉀濃度和心臟功能。
2．洋地黃苷，注射用兩性霉素B所致的低鉀血癥可增強潛在的洋地黃毒性。兩者同用時應嚴密監測血鉀濃度和心臟功能。
3．氟胞嘧啶與兩性霉素B具協同作用，但注射用兩性霉素B可增加細胞對前者的攝取并損害其經腎排泄，從而增強氟胞嘧啶的毒性反應。
4．注射用兩性霉素B與吡咯類抗真菌藥如酮康唑、氟康唑、伊曲康唑等在體外具拮抗作用。
5．氨基糖苷類、抗腫瘤藥物、卷曲霉素、多粘菌素類、萬古霉素等腎毒性藥物與本品同用時可增強其腎毒性。
6．骨髓抑制劑、放射治療等可加重患者貧血，與兩性霉素B合用時宜減少其劑量。
7．注射用兩性霉素B誘發的低鉀血癥可加強神經肌肉阻斷藥的作用，兩者同用時需監測血鉀濃度。
8．應用尿液堿化藥可增強本品的排泄，并防止或減少腎小管酸中毒發生的可能。