榕屬葉綠體基因組比較研究獲進展

　　近年來，葉綠體基因組因基因組小、突變率和重組率低的特點，被廣泛用于植物系統發育、分子進化、譜系地理學的研究。榕屬（Ficus）作為桑科的最大屬，且是熱帶雨林的關鍵物種，而其系統發育關系仍需進一步研究。榕屬物種具有多樣的生態型，體現了對不同生境的高度適應性。盡管近年來關于榕屬葉綠體基因組的研究有所發展，但缺少基于較大樣本量的全屬水平的葉綠體基因組的結構變異及系統進化的分析。

　　中國科學院西雙版納熱帶植物園協同進化研究組與吉林農業大學合作，對囊括了6個榕亞屬的24種葉綠體基因組進行全面分析，揭示了基因組中的高變區域以及蛋白編碼基因的選擇進化模式。研究進一步結合先前發表的40個榕屬葉綠體基因組，進行了系統發育分析和物種分化時間的估算。結果表明：榕屬葉綠體基因組在結構上具有很高的保守性，鑒定到8個分化熱點區域，為區分近緣種以及群體水平的譜系地理分析提供候選區域。三個蛋白編碼基因（clpP、rbcL、ccsA）受到正選擇作用，或有助于不同生活型的榕樹對不同生境的適應，其余蛋白質編碼基因均經歷了純化選擇。同時，基于葉綠體基因組數據構建的系統發育樹為解決榕屬植物的系統發育提供了新見解。葉綠體基因組的分化時間估計則與基于核基因的分化時間相似，約起源于74.5百萬年前，快速分化于中新世早期至中期，這一時間與中新世早期的全球變暖和中新世氣候適宜期相吻合。

　　相關研究成果以Comparative chloroplast genome analysis of Ficus (Moraceae): Insight into adaptive evolution and mutational hotspot regions為題，發表在Frontiers in Plant Science上。研究工作得到中科院“西部之光”人才培養計劃“西部青年學者”項目、云南省基礎研究計劃項目和國家自然科學基金的支持。