缺血性結腸炎的治療取決于病因、敏感性以及疾病的嚴重程度，一旦診斷確定，并且臨床檢查不提示有腸道的壞疽或穿孔，則采用保守療法。
1.支持治療 一般情況下，如果病人有腹痛，則給予胃腸外營養，使腸道得以休息，并盡快停用可引起腸道缺血的藥物。積極改善全身及局部血液循環，如補足循環血量，糾正心力衰竭、心律失常、休克等。
2.防治腸道繼發感染 可應用對需氧菌和厭氧大腸埃希菌均有效的廣譜抗生素。
3.給氧和腸管減壓 如果有腸梗阻，則予以胃腸減壓，并持續給氧，有助于改善全身和局部狀況。
4.擴血管藥物治療 已經證實，罌粟堿、硝酸甘油、異丙腎上腺素、緩激肽、組胺、5-羥色胺、血管活性腸肽、胰導糖素能夠使結腸血管擴張，并增加結腸血流或組織氧供。根據病情適當給予低分子右旋糖酐。
5.血管造影時可經導管給予罌粟堿1.0mg/ml，可直接作用于缺血并伴有腸系膜動脈痙攣的血管，使之擴張，并可維持輸注24h。
6.外科手術治療
(1)手術指征：缺血性結腸炎的手術指征如下：
①疾病急性期：
A.治療過程中發生頑固的膿毒癥。
B.腹膜刺激征。
C.腹腔內游離氣體。
D.內鏡下可見壞疽。
E.持續性腹瀉、直腸出血或蛋白丟失性結腸病變14天以上。
②疾病慢性期：
A.慢性節段性結腸炎并伴有臨床反復發作的膿毒癥。
B.癥狀性結腸狹窄。
(2)手術中腸管活力的判斷方法：
①溫鹽水紗布或包敷腸管10～20min，觀察腸管的存活情況，但有時較難正確判斷，有人評估這種方法的敏感性為78%。
②靜脈內熒光素檢查：在術中于靜脈內注射熒光素1000mg，在紫外燈下觀察，如腸管呈均勻的黃綠色則為正常，否則為無活力的腸管。
③多普勒檢查：術中多用多普勒超聲檢查腸管血流情況，能較可靠地判斷腸管活力和切除范圍。
④其他：腸腔內pH測定、經結腸血氧飽和度測定等。
(3)手術方法：主要為腸系膜血管重建和失活腸管切除，前者又包括血管移植、動脈旁路、動脈血栓摘除和油膜剝脫術等。
7.康復治療
(1)在院或出院的病人應該進行擴血管治療，定期復查血糖、血脂，控制高血壓，減少或避免血栓形成及缺血性結腸炎的發生。
(2)已進行手術治療的病人，尤其是有腸管切除者，應該注意靜脈營養，病人可進食后，注意膳食調配，調整營養狀態。
8.擇優方案 密切觀察生命體征及腹部體征，應先行以擴血管藥物為主的保守治療，如出現外科手術指征，則應盡早手術治療。