癌癥基因組項目(TCGA)完成之反思

　　經過美國不懈的努力，涉及上萬個癌基因的癌基因組項目正式告一段落。該項目在2006年開始，預計花費1億美元進行研究，并且癌癥基因組圖譜（TCGA）現在已經成為國際癌癥基因組協會最大的組成部分，該項目匯聚了來自16個國家的科學家，并發現了接近10萬個與癌癥相關的基因突變。

　　現在的問題是，下一步怎么辦。一些研究人員希望繼續關注測序；而另一些人傾向于擴大自己的工作范圍，探索已經發現的突變如何影響癌癥的發生和發展。

　　“TCGA已經完成，并且可以宣布勝利。”紐約冷泉港實驗室主任Bruce Stillman這樣說。“總是會有新的與特定癌癥相關聯的基因突變被發現。但現在的問題是：成本效益比。”

　　Stillman是該項目的早期倡導者。有一些研究人員擔心，這個項目會耗盡從私人資助者獲得的資金。一開始這是一個三年的項目，之后它被延長了五年。在2009年，在全球經濟衰退的時候，為了刺激美國經濟，其從美國國立衛生院（NIH）獲得了1億美元，之后又追加了1.75億美元。

　　該項目最初的工作：在當時，基因測序只能在快速冷凍的新鮮組織上進行。然而，大多數的臨床活檢，是由病理學家固定在石蠟中進行染色檢測。尋找及制備新鮮組織的成本是該項目最大的支出，Louis Staudt這樣說，他是位于馬里蘭州貝塞斯達的美國國家癌癥研究所（NCI）的癌癥基因組學辦公室主任。

　　另外一個問題是數據的復雜性。雖然有一部分“驅動因素”對于癌癥的發展具有顯著影響，但是大部分突變形成了撲朔迷離的大雜燴，因為其與腫瘤之間幾乎沒有共同點。針對驅動因子的藥物實驗很快揭示了另一個問題：癌癥往往會很快產生耐藥性，其一般會通過激活不同的基因，來繞過被藥物阻斷的細胞過程，從而導致抗藥性。

　　位于馬里蘭州巴爾的摩的約翰霍普金斯大學遺傳學家Bert Vogelstein說，盡管有這些困難，癌癥研究還是從TCGA中獲得了各方面的益處。這些數據擴展了腫瘤分類方法，并指出了許多從前沒有確定的藥物靶標和致癌物質。但一些研究人員認為，測序可以提供更多的信息。在1月份，對于21種癌癥突變數據的統計分析表明，對于發現臨床上有用的突變，測序工作依然有很多潛力。

　　去年12月2日，Staudt宣布TCGA完成，NCI將會繼續深入測序三種腫瘤：卵巢瘤，結腸瘤和胰腺癌。其計劃之后評估這項額外工作的結果，以此決定是否添加更多的癌癥類型。

　　擴大范圍

　　但是這一次，這些研究將會結合關于病人的健康、治療史和治療反應等詳細的臨床信息。因為研究人員現在可以使用石蠟包埋的樣本，他們可以獲得過去的臨床試驗數據，以及研究突變如何影響患者的預后和治療反應。Staudt說，NCI將宣布推薦使用TCGA及那里的方法和分析原理，對臨床實驗的樣品進行測序分析。

　　國際癌癥基因協會的聯合創始人Tom Hudson說，預計將在二月份釋放出其計劃的第二波研究浪潮，這可能會采取類似的策略。Tom Hudson同時也是加拿大多倫多安大略癌癥研究所的主任。其所在的機構專注于發現能夠響應腫瘤治療的基因序列，該機構接受了幾個國家政府的資助，并渴望遏制醫療保健費用的上升。“癌癥食療是非常昂貴的。我們會優先考慮解決目前治療成本高昂的癌癥。”

　　NCI還準備支持創建一個數據庫，這些數據不僅來自它自己的項目，還有其他國際機構的工作在其中。該數據庫是為了讓數據訪問和分析工具為研究人員帶來更廣闊的視野。目前，癌癥基因組數據大約有20千兆（1015字節），是如此的巨大和笨拙，以至于只有較強的計算機研究機構才可以訪問使用。即使這樣，光是下載這些數據，就需要4個月的時間。

　　Staudt承認說，額外的刺激資助并沒有對該項目具有促進作用。但是較便宜的測序以及使用生物樣本庫的活檢技術降低了該項目的成本。他說：“在我們現在做的許多事情中，基因組學是重中之重。因為我們現在可以就癌癥的問題，以更直接的方式進行問答。”