生物通報道 農業生物技術公司KeyGene近日只利用納米孔測序儀MinION生成的序列，組裝了立枯絲核菌（Rhizoctonia solani）的基因組。立枯絲核菌是一種農業害蟲，感染一些重要的經濟作物，包括玉米、水稻和大豆。
在BioRxiv網站的預印本上，KeyGene的Martin de Vos及其同事介紹了他們的讀長優化方法，這使得他們能夠生成高度連續的組裝，比之前利用短讀長測序方法獲得的組裝要長得多。不過他們也指出，基于納米孔的組裝有著較高的錯誤率。盡管如此，研究人員認為，這仍是一種高性價比的方法。
在這項研究中，研究人員利用大小選擇，從立枯絲核菌的樣品中篩掉小的DNA片段，只留下高分子量的DNA。他們從中生成了三個長插入片段的納米孔文庫：兩個是用隨機剪切的DNA制備的，片段的平均長度分別為12.5 kb和18.8 kb，而第三個則來自完整的基因組DNA。
之后，研究人員利用Oxford Nanopore的MinION測序儀對這些文庫進行測序，產生了近77,800條序列，轉化成834 Mb，而平均讀長為10.7 kb。他們指出，大多數長序列來自未剪切的文庫。
De Vos及其同事利用canu assembler將這些序列組裝成606個contig，它們跨越54 Mb，其中N50 contig的長度為199 kb。研究人員表示，這是目前最為連續的立枯絲核菌組裝，也是僅僅利用納米孔序列組裝成的最大基因組。
研究人員進一步將他們的組裝結果與Illumina MiSeq雙端測序的結果進行比較。MiSeq運行產生了1390萬條合并的序列，其平均讀長為360個核苷酸，這些序列可組裝成123,016個contig，總長度為71 Mb，而N50 contig的長度為1,029個核苷酸。
研究人員報告稱，如果他們假設MiSeq的數據是完美的，那么納米孔組裝的錯誤率如下：每2186個堿基有一個替換錯誤，每700個堿基有一個插入錯誤，每297個堿基有一個缺失錯誤。
盡管這個錯誤率高于預期，但研究人員仍樂觀表示，納米孔測序技術和試劑的改進也許能夠解決這個問題。他們指出，未來計劃用高分子量DNA片段和高通量的PromethIon測序儀來對付高度重復的植物基因組。