真核策生物主要包括各類真菌，還有粘菌等。
真菌劃分各能分類單位的基本原則是以形態特征為主，生理生化、細胞化學和生態等特征為輔。絲狀真菌主要根據其孢子產生的方法和孢子本身的特征，以及培養特征來劃分各級的分類單位。一些病原真菌的鑒定，寄生和癥狀也可作為參考依據。真菌可分以下四綱：
Ⅰ藻狀菌綱 菌絲體無分隔，含多個核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。
Ⅱ子囊菌綱 菌絲體有分隔，有性階段形成子囊孢子。
Ⅲ擔子菌綱 菌絲體有分隔，有性階段形成擔孢子。
Ⅳ半知菌綱 包括一切只發現無性世代未發現有性階段的真菌。
粘菌也可分為四綱，即
Ⅰ網粘菌綱 自細胞兩端各自伸出長的粘絲并接連形成粘質的網絡——假原質團。
Ⅱ集胞粘菌綱 分泌集胞粘菌素，形成假原質團。
Ⅲ粘菌綱 形成原質團，腐生性自由生活。
Ⅳ根腫病菌綱 形成原質團，專性寄生。亦有將之歸于真菌類。