最近，美國普渡大學的研究人員開發出一種方法，稱為ZipChip，可大大降低ChIP分析的時間和成本，同時還能提高靈敏度。
染色質免疫沉淀（ChIP）研究，對于染色質相關蛋白和組蛋白修飾在基因組中的定位，提供了深入的見解。然而，標準的ChIP方法耗時、昂貴、費力，由于涉及大量的步驟，易受實驗誤差的影響。此外，全基因組ChIP研究產生了大量的數據，因此迫切需要某種方法，能夠進行快速驗證以及生物相關性分析。
為了克服這些挑戰，研究人員最近開發出一種方法，稱為ZipChIP，可大大降低ChIP分析的時間和成本。相關研究結果發表在最近的《Nucleic Acids Research》雜志。本文資深研究作者、普渡大學的Scott Briggs 指出：“ZipChIP的開發是很重要的，因為它將復雜的ChIP程序簡化為一個簡單的‘一下午實驗’，可進行染色質相關蛋白的快速分析。”
該方法也提高了靈敏度，能夠檢測染色質相關蛋白和組蛋白翻譯后修飾，這在以前是很難或幾乎不可能檢測到的。根據作者介紹，ZipChIP將是一種有用的工具，可用于各種實驗室，有助于染色質和DNA模板化過程的研究。
相比較其他ChIP方法，ZipChIP需要較少的試劑和步驟。此外，研究人員優化了程序，可允許在qRT-PCR的微珠PCR反應中使用磁珠，從而帶來更好的靈敏度。研究人員使用ZipChIP檢測到了組蛋白修飾和兩個酵母組蛋白去甲基化酶——Jhd2和Rph1，在以前用標準方法是難以檢測的。
分析結果表明，在積極轉錄的基因上至少有兩種H3K4模式。本文第一作者Kayla Harmeyer說：“這是令人驚訝的，因為只有一個主要的H3K4模式被報道過。這些富集模式的生物學意義是未知的，但現在這些問題得到了解決。”
研究還表明，這種多功能方法可用于酵母和擬南芥的更復雜的基因組。研究結果表明，ZipChIP還可以應用于一些生物，如斑馬魚，果蠅和哺乳動物細胞。Briggs說：“我們的初步數據表明，ZipChIP也對哺乳動物細胞起作用。然而，該方法的主要缺點是，本程序是用于基因特異性的分析。接下來，研究人員將優化ZipChIP，用于全基因組的研究。”
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