開始治療時，每天靜脈滴注兩性霉素B 1～5mg ，后逐步增加至每天0.65mg/kg時的血藥峰濃度（Cmax）為2～4mg/L。血消除半衰期（t1/2β）約為24小時。蛋白結合率為91%～95%。本品在胸水、腹水和滑膜腔液中藥物濃度通常低于同期血藥濃度的一半，支氣管分泌物中藥物濃度亦低。本品在腎組織中濃度最高，依次為肝、脾、腎上腺、肺、甲狀腺、心、骨骼肌、胰腺等。本品在體內經腎臟緩慢排泄，每日約有給藥量的2%～5%以原形排出，7日內自尿排出給藥量的40%。停藥后自尿中排泄至少持續7周，在堿性尿液中藥物排泄增多。注射用兩性霉素B不易為透析清除。