結腸癌亞型單細胞分析

　　一項由新加坡（通訊作者Shyam Prabhakar和Iain Beehuat Tan）、印度、美國（通訊作者Paul Robson）三國共同開展的計算基因組學項目，鑒定了11種結腸癌腫瘤和附近臨近的非癌細胞的細胞組成。為更有針對性的結腸癌診斷和治療開啟了一扇門。

　　來自杰克遜實驗室的科學家，本文的共同第一作者，Elise Courtois說，根據不同細胞組成，結腸癌可以被分為不同的亞型。由于這些亞型的生存概率各不相同，亞型的鑒定為腫瘤學家的預后和治療方案的設計提供了更好的保障。

　　腫瘤基因組測序的進展推進了腫瘤亞型的分類，能夠對以提高患者生存率為目的的精準治療起到指導作用。然而，腫瘤組織中，包括癌細胞和非癌細胞，它們都參與了腫瘤的生物學發生和發展。

　　迄今為止，通過大體積的轉錄組學研究方法，這些腫瘤基因的表達已經被描繪出一個大體的輪廓，單細胞水平的轉錄組學手段，實質上代表著可以鑒定更多種類的細胞類型。利用單細胞轉錄組學技術，我們現在可以將腫瘤拆解成不同的組成部分，因此而更好的了解其潛在生物學特性。

　　通過杰克遜實驗室單細胞生物學主任Robson、新加坡基因組研究所的計算生物學家Shyam Prabhakar、以及新加坡國立腫瘤中心的腫瘤醫學影像學家Iain Beehuat Tan共同領導的研究小組的努力，利用單細胞RNA測序，鑒定了626個從腫瘤組織中隨機挑選的細胞（包括腫瘤細胞和非腫瘤細胞）。計算檢測每個細胞的轉錄組（即細胞中的所有信使RNA），通過他們設計的新算法，研究人員確定了兩個不同亞型的腫瘤相關成纖維細胞（CAFs）。之前的大體積腫瘤轉錄組學數據顯示了一種腫瘤細胞進程，上皮間質轉化與間充質基因的表達相關。而該項研究顯示，正是這些CAFs顯著地促進了間充質基因的表達。這意味著，CAFs參與造成了一些結腸癌患者更差的預后。

　　Robson指出，單細胞轉錄組分析的成本持續下降，這方面研究將會使腫瘤學家會得到更好的機理分析，從而指導他們開發相應的治療方案。

　　原文標題：Reference component analysis of single-cell transcriptomes elucidates cellular heterogeneity in human colorectal tumors