羅氏GSJunior測序幫助確認新型冠狀病毒出現

        今年世界衛生組織確認了一個由新型冠狀病毒引起的急性呼吸系統感染事件。第一個病人在中東地區發病后回到英國后被確診，第二起病人在沙特阿拉伯確診。世界衛生組織因此對全球發出警報，要求監控是否還有其他由這一新型冠狀病毒引起的其他病例。

         科學家對從病例中分離出了的冠狀病毒株，利用GS Junior對其進行全基因組測序，并完成病毒基因組的拼接，通過進一步的基因進化分析，確認了這次感染的是一個新型的冠狀病毒（HCoV-EMC），可獨立為一個新的beta冠狀病毒種系。該病毒與蝙蝠冠狀病毒更為接近，而與在2002年造成全球非典型性肺炎（SARS）爆發的冠狀病毒（SARS-CoV）差異較大。

        冠狀病毒是一種RNA病毒，其基因組大小在26-32Kb之間，相對其他的RNA病毒來說其基因組較大。能夠感染人類的冠狀病毒很少，在2002年SARS爆發之前，僅有兩種（HCoV-229E，HCoV-OC43），主要造成上呼吸道以及消化道的感染。而引起SARS爆發的冠狀病毒能夠導致上下呼吸道、消化道的同時感染，在SARS事件后又發現了兩個新的冠狀病毒（HCoV-NL63，HCoV-HKU1）。而這次發現的，可以說是第5種能夠感染人類的冠狀病毒。

        科學家從在約旦因呼吸道窘迫癥（ARDS）及多組織衰竭（MODS）死亡的60歲男性病人血液中分離出病毒，但實驗發現其與已知冠狀病毒、腺病毒、腸道病毒均不相同。于是，決定對該病毒進行de novo基因組測序以獲取這一未知病毒的基因組信息。利用GS Junior進行的鳥槍法測序，獲得了9萬多條序列，覆蓋90%的病毒基因組序列，覆蓋深度達到1000x以上。進一步的分析發現其氨基酸序列與已知冠狀病毒的相似度<80%，由此確認為一新的C系beta冠狀病毒（betacoronavirus lineage C ），其中病毒復制酶基因進化分析顯示該病毒與蝙蝠冠狀病毒最為相似。

        從此次事件中可以看到GS Junior可以快速用于新型病毒研究，獲得基因組序列。454測序長度長的特點幫助了更高完整度的基因組拼接，從而可以進行氨基酸序列的比較，這對于確認一個新型病毒極為重要。GS Junior的快速測序、簡單生物信息分析需求適合于此類急性傳染性、爆發性事件的快速分子生物學檢測。