肝臟生物學中單細胞和空間組學技術的成果與挑戰

　　近期，中國科學院上海營養與健康研究所李虹研究組在《肝臟病學雜志》（Journal of Hepatology）上，發表了題為Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的綜述文章。該文章闡述了前沿的單細胞技術及空間組學技術，論述了這些技術在肝臟研究的前沿進展，總結歸納了相關計算生物學策略，并對未來的發展方向提出了新思考。

　　單細胞轉錄組測序（single-cell RNA sequencing）與空間組學（spatially resolved techniques）作為新興技術，被越來越多地運用于肝臟研究，推動了肝臟領域的發展。隨著肝臟單細胞及空間數據的積累，計算生物學分析策略和工具不斷豐富和完善，并展現出多元特征。多樣化的實驗及分析方案加快了肝臟研究的進程，但為設計目的導向型的單細胞或空間組學實驗及策略提出了新挑戰。

　　該文章介紹了多種前沿單細胞組學實驗技術和空間組學實驗技術并總結了常見的應用場景，剖析了這些新興技術應用于肝臟樣本可能產生的問題及潛在的實驗或計算生物學解決方案。該文章按照肝臟生物學研究子領域，介紹了單細胞技術及空間組學技術應用于肝穩態維持、肝臟發育、肝再生、非酒精性脂肪肝病及肝癌的研究，重點闡述了這些新興技術在肝臟單細胞圖譜構建、罕見細胞類型識別、疾病相關細胞亞型鑒定、細胞軌跡重塑和細胞狀態轉變關鍵因子挖掘、細胞間相互作用、肝臟空間結構解析、潛在藥靶挖掘等方面的前沿進展，提出了當前單細胞及空間組學技術在肝臟領域應用存在的挑戰及未來可能的發展方向。該文章為了解單細胞及空間組學技術在肝臟領域中的應用提供了途徑，有利于把握單細胞及空間組學新興技術的核心分析思路，系統了解細胞亞群和空間結構在肝臟發育、再生和疾病中的作用，為設計針對肝臟生物學問題需求的單細胞或空間組學實驗及分析策略提供了靈感。