脂質II的合成：這個過程發生在細胞質中，首先是由尿苷二磷酸（UDP）激活的N-乙酰氨基葡萄糖轉化而來。這是肽聚糖合成的初級階段，涉及到能量的轉移和脂質前體的合成。
轉移到膜的外側：脂質II通過膜轉移到細胞外側，這一步是肽聚糖合成的關鍵部分，因為它需要將合成的物質從細胞內轉移到細胞外。
基本亞單位的聚合：新合成的肽聚糖基本亞單位插入到正在增長的細胞壁中，通過特定的連接方式形成堅固的肽聚糖網絡。這個過程中，肽鏈之間的交聯起到了至關重要的作用，它確保了細胞壁的穩定性和強度。
生物催化劑的作用：在肽聚糖合成的過程中，還需要一些特殊的酶類，如青霉素結合蛋白（PBPs），它們能夠聚合糖鏈并通過轉肽作用連接相鄰的骨干肽，這些酶在生理膜環境中發揮作用，但其具體機制仍在研究中。