可可
可可豆發酵過程中分泌1種占優勢的內肽酶(天冬氨酸內肽酶，最適pH3.5)和1種羧肽酶(最適pH5.8)。可可羧肽酶不能水解羧基末端的Arg、Lys 和Pro殘基，較適作用于疏水性氨基酸，對酸性氨基酸水解速度很慢。這2種酶作用生成的疏水性游離氨基酸和親水性肽，產生可可特有的香味前體物。
牛肉
在肉類生產中，電刺激引起肌肉中外肽酶的活性發生變化，生成的游離氨基酸種類和含量會影響肉的品質。在牛肉的熟化過程中，對胴體采用低電壓刺激，能夠活化肌肉中的二肽基肽酶的活性，抑制亮氨酸氨肽酶、蛋氨酸氨肽酶和焦谷酰胺氨肽酶的活性，但是對丙氨酸氨肽酶和精氨酸氨肽酶的活性沒有影響。
鹽腌肉
干腌火腿中氨肽酶活性為原來新鮮的火腿的25%～75%，Glu、Leu、Arg、Ala、Tyr 和Lys的含量明顯增加。干腌過程中游離氨基酸的增加是氨肽酶的作用所致。新鮮豬肉中蛋白酶的組成對干腌火腿產品的品質有很大影響。越苦的樣品中蛋白質分解程度、組織蛋白酶B和二肽酰氨肽酶的活性越強。相反，不太苦的新鮮火腿和腌制成熟的肌肉中氨肽酶活性更高。有苦味的火腿中Met 和Asp含量較高。在腌制加工整個過程中，LAP活性一直都很高。豬骨骼肌中分離純化出的丙氨酸氨肽酶對4-位和5-位上的Ala 有較高的特異性，但缺乏對2-位上的Ala 的特異性。所以，在肉類加工中就會產生二肽和游離氨基酸，并對肉的最終風味產生影響。促進風味形成的新方法是加入從傳統腌制鹽鹵中分離出來的微生物，這些菌產生的脂肪分解酶和蛋白質水解酶與風味的形成有關。
啤酒
麥芽至少含有8種不同的外肽酶，其中有3種羧肽酶，最適pH4.8～5.7；5種氨肽酶，最適pH5.8～8.6。在45℃時肽酶活性穩定。糖化時，溫度從45℃上升到70℃，這些外肽酶迅速被滅活。55℃保溫30min，5種氨肽酶以不同的速度滅活，而羧肽酶活性仍然有70%～100%，其中1種羧肽酶在70℃保溫60min還有40%的殘留酶活。因此，麥芽糖化中，羧肽酶比氨肽酶有更高的熱穩定性。這種特性對糖化時游離氨基酸的生成極其重要，因為糖化過程形成的游離氨基酸占到游離氨基酸釋放總量的50%～75%。這3種羧肽酶分子質量相似，離子特性和專一性略有差異。麥芽羧肽酶較適作用于含有芳香性氨基酸殘基和Pro的肽。羧肽酶可以降低從胚乳細胞壁提取出來的β-葡聚糖的黏度，并通過水解細胞中的肽來提高胚乳的增溶性。最適pH值和熱穩定性表明羧肽酶不僅可以作用于大麥醇溶蛋白，也可以作用發芽和糖化過程中形成的肽，促使游離氨基酸的釋放。
奶酪
除了微生物細胞，奶酪提取物中也有胞內外肽酶活性。微生物自溶后釋放出來的外肽酶對酪蛋白寡肽的降解起著很重要的作用。用卡門柏青霉和白地霉制作軟質奶酪時，奶酪的熟化主要受蛋白質水解酶的控制。膠囊處理的重組氨肽酶可以縮短切達奶酪發酵過程，并且能夠提高奶酪的感官評價分值。
對蛋白質水解產物脫苦的影響
從動物來源(奶、肉和魚等)和植物來源(豆類、谷物)的食品蛋白質在食品加工過程中都要發生一定程度的水解。水解作用主要通過兩條途徑：一是細菌或真菌的內肽酶和外肽酶的發酵，二是對蛋白質水解產物的直接加工。苦味肽的存在是大多數蛋白質水解產物的缺陷。蛋白質經內肽酶作用后，形成的水解產物通常都會有苦味，不同的內肽酶由于切點差異，形成的苦肽也各不相同 。